结论：公司因员工身体原因要求签署免责确认书的行为，其合法性需分情况讨论，一般情况下不合法，但在特定条件下可能具有部分合法性。以下从不同角度详细分析：

1. 免责确认书的性质与合法性边界

根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同的变更或补充需双方协商一致，且不得违反法律强制性规定。免责确认书若涉及免除公司法定责任（如工伤赔偿、医疗期工资等），则可能因违反《劳动合同法》第二十六条“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的条款而被认定无效。
举例：若员工因工受伤，公司要求签署“放弃工伤赔偿”的确认书，此类条款因违反《工伤保险条例》强制性规定而无效。

2. 身体原因与免责条款的关联性

若员工身体原因属于职业病或工伤，公司无权通过免责条款规避责任。根据《工伤保险条例》，职业病或工伤的赔偿由工伤保险基金和公司共同承担，免责条款无效。
若员工身体原因属于非职业病或非工伤（如自身疾病），公司仍需遵守《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，在医疗期内支付病假工资、保留劳动关系。免责条款若试图免除此类义务，同样可能被认定无效。

3. 公司可能主张的“合法情形”

公司可能主张免责确认书是员工自愿放弃部分权利（如加班费、年终奖等非法定权益），但需满足以下条件：

• 自愿性：员工签署时无胁迫、欺诈或重大误解；
  
• 明确性：条款内容具体、无歧义，且员工充分理解后果；
  
• 不违法：不得免除公司法定责任（如社保缴纳、最低工资标准等）。
  风险点：实践中，公司常利用信息不对称或员工急需工作的心理迫使签署，此类条款可能因“显失公平”被撤销。

4. 员工应对建议

• 拒绝签署：若免责条款涉及法定权益，员工有权拒绝并要求公司依法处理；
  
• 留存证据：如公司以不签署则辞退相威胁，需录音、保存聊天记录等证据；
  
• 投诉或仲裁：向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张条款无效并要求公司承担责任。

5. 公司合规建议

• 避免免责条款：公司应通过完善管理制度（如考勤、病假流程）降低风险，而非依赖免责条款；
  
• 协商补充协议：若需调整非法定权益（如奖金、福利），可与员工协商签署补充协议，确保合法有效；
  
• 法律审核：所有涉及员工权益的文件应经法律专业人士审核，避免无效条款。

总结：公司要求签署免责确认书的合法性取决于条款内容、签署背景及是否违反法律强制性规定。员工应谨慎对待此类文件，必要时寻求法律帮助；公司则需通过合规管理降低风险，而非依赖免责条款。如有具体问题，可直接向我咨询。