针对公司以考勤签名为由否定员工仲裁申请主张的情况，员工可以采取以下策略来应对：

1. 核实考勤记录的真实性与完整性：

   • 首先，员工应要求公司提供完整的考勤记录，包括但不限于电子考勤数据、纸质考勤表、监控录像等，以确认公司所提供的考勤记录是否真实反映了员工的出勤情况。
   • 如果公司拒绝提供或提供的考勤记录存在瑕疵，如缺失、篡改等，员工可以在仲裁过程中提出异议，并要求公司承担举证不能的不利后果。

2. 收集其他证据支持仲裁主张：

   • 除了考勤记录外，员工还应积极收集其他能够证明自己出勤情况、工作表现及公司违法行为的证据，如工作邮件、聊天记录、同事证言、工资单、工作证等。
   • 这些证据可以形成完整的证据链，有助于证明员工的仲裁主张，即使公司以考勤签名为由进行抗辩，也无法完全否定员工的权益。

3. 分析公司考勤制度的合法性与合理性：

   • 员工应仔细审查公司的考勤制度，确认其是否符合法律法规的规定，如是否经过民主程序制定、是否公示或告知员工等。
   • 如果公司的考勤制度存在违法或不合理之处，如要求员工在非工作时间打卡、对迟到早退进行过度处罚等，员工可以在仲裁过程中提出异议，并要求公司承担相应的法律责任。

4. 在仲裁过程中积极应对与反驳：

   • 在仲裁过程中，员工应积极配合仲裁机构的调查与审理工作，如实陈述事实、提供证据。
   • 针对公司以考勤签名为由的抗辩，员工可以从考勤记录的真实性、其他证据的充分性、公司考勤制度的合法性与合理性等方面进行反驳，以维护自己的合法权益。

5. 考虑寻求法律援助或咨询专业律师：

   • 如果员工在处理劳动纠纷过程中遇到困难或不确定如何应对公司的抗辩，可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。
   • 专业律师能够提供具体的法律建议和指导，帮助员工更好地应对仲裁过程中的各种情况，提高胜诉的几率。

可能面临的法律后果与风险提示：

• 如果员工能够提供充分的证据证明自己的仲裁主张，且公司的抗辩理由不成立，那么员工有可能获得仲裁机构的支持，获得相应的赔偿或补偿。
• 如果员工无法提供足够的证据支持自己的主张，或者公司的抗辩理由得到仲裁机构的认可，那么员工可能会面临败诉的风险，无法获得预期的赔偿或补偿。

建议与行动指南：

• 员工应尽快收集并整理相关证据，包括考勤记录、工作邮件、聊天记录等，以形成完整的证据链。
• 员工应仔细审查公司的考勤制度，确认其是否合法合理，并准备好在仲裁过程中进行反驳的论点和证据。
• 如果员工对仲裁过程或法律条款存在疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师以获取具体的法律建议和指导。

希望以上建议能够帮助你更好地应对公司以考勤签名为由的抗辩，维护自己的合法权益。如果你有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。