结论：员工拒绝签劳动合同后，用人单位一般不能直接以此为由对员工提起劳动仲裁，但若因此发生明确的劳动争议，且协商、调解无果，用人单位可以申请仲裁。同时，用人单位应依据相关法律法规采取正确的应对措施，以降低法律风险。
详细分析：
一、劳动仲裁的适用性与主体适格性
劳动仲裁主要用于解决劳动关系当事人之间因执行劳动法律、法规和履行劳动合同而发生的纠纷。员工单纯拒不签订劳动合同的行为，并未直接侵犯用人单位基于劳动法律法规或劳动合同所享有的具体权益。因此，在没有进一步劳动争议的情况下，用人单位通常不能直接以此为由申请仲裁。然而，若因员工拒绝签订劳动合同导致双方产生其他劳动争议，如工资支付、工作条件等，且协商、调解无果，用人单位则可以申请劳动仲裁。
二、用人单位的正确应对措施
一个月内的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第五条，自用工之日起一个月内，若经用人单位书面通知后，劳动者仍不与用人单位订立书面劳动合同，用人单位有权书面通知劳动者终止劳动关系，且无需支付经济补偿，但需依法支付劳动者实际工作时间的劳动报酬。
超过一个月不满一年的情况：
- 若劳动者在用工之日起超过一个月不满一年内仍未与用人单位签订书面劳动合同，用人单位同样应书面通知劳动者终止劳动关系。此时，用人单位需按照《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定支付经济补偿。经济补偿的计算方式为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、员工可申请仲裁的情形及后果
- 如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，员工有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付双倍工资。这一权利依据的是《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的规定。若仲裁裁决支持员工的请求，用人单位将面临支付双倍工资的法律后果。
四、劳动争议的处理流程与建议
- 当用人单位与员工之间因劳动合同问题发生争议时，双方应首先尝试协商解决。
- 协商不成的，可以向调解组织申请调解。
- 调解不成或达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，用人单位应积极收集与整理证据，如员工入职登记资料、考勤记录、工资支付凭证等，以证明双方存在事实劳动关系及具体细节。
- 对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。但需注意，诉讼是最后的救济手段，且需确保有足够证据和法律依据支持。
五、预防与应对策略
- 完善劳动合同管理制度：用人单位应制定完善的劳动合同管理流程，包括签订、续签、变更、解除等环节，明确职责分工，确保所有员工均能在入职后一个月内签订书面劳动合同。
- 加强法律培训与学习：定期组织管理人员和人力资源人员参加劳动法律法规培训，提高法律意识和业务水平，降低因不了解法律而导致的风险。
- 定期检查与监督：定期对劳动合同的签订情况进行检查，确保制度得到有效执行，及时发现并纠正问题。
作为用人单位，在面对员工拒绝签订劳动合同的情况时，应保持冷静、依法应对，通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决争议。同时，加强内部管理、提高法律意识也是降低法律风险的有效途径。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。