结论：是否合法需分情况讨论，关键在于公司扣减工时的理由是否符合法律规定及劳动合同约定。以下从不同角度详细分析：

1. 若公司扣减工时无合法理由，则不合法

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司扣减工时，实质上可能构成克扣工资的行为，除非有合法理由。
• 合法理由的界定：合法理由通常包括劳动者违反公司规章制度、给公司造成损失需赔偿、劳动者请假或旷工等。若公司无法提供这些合法理由，扣减工时则缺乏法律依据。
• 举例说明：假设你因个人原因未请假而缺勤，公司按照规章制度扣减相应工时是合法的；但若公司无故扣减你已正常出勤的工时，则属于违法行为。

2. 若公司扣减工时有合法理由，但未遵循法定程序，仍可能不合法

• 法定程序要求：即使公司有合法理由扣减工时，也需遵循法定程序，如提前告知劳动者、与劳动者协商一致（在可能的情况下）、按照公司规章制度或劳动合同约定执行等。
• 举例说明：若公司因你违反规章制度需扣减工时，但未提前告知你或未按照规章制度规定的程序进行，则扣减行为可能因程序违法而不合法。

3. 若劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且约定合法，则可能合法

• 约定优先原则：在劳动法领域，劳动合同和公司规章制度是调整劳动关系的重要依据。若其中明确约定了扣减工时的情形和程序，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则公司按照约定扣减工时可能是合法的。
• 举例说明：若劳动合同中明确约定，劳动者在试用期内因工作表现不佳，公司有权扣减一定工时作为考核，且该约定不违反法律强制性规定，则公司按照约定扣减工时是合法的。

4. 特殊情况下的工时扣减

• 停工留薪期：若你因工伤需要停工留薪，根据《工伤保险条例》第三十三条，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。此时，公司不得扣减你的工时或工资。
• 病假、事假等：若你因病假、事假等需要请假，公司按照规章制度或劳动合同约定扣减相应工时是合法的。但需注意，病假工资的支付需符合《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关规定。

建议

1. 核实扣减理由：首先与公司沟通，了解扣减工时的具体理由和依据。
2. 审查劳动合同和规章制度：查看劳动合同和公司规章制度中是否有关于扣减工时的约定，以及该约定是否合法。
3. 保留证据：保留好与公司沟通的记录、工资条、考勤记录等证据，以备不时之需。
4. 寻求法律帮助：若认为公司扣减工时的行为不合法，可向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。

最后，劳动纠纷的处理需要综合考虑多种因素，包括法律规定、劳动合同约定、公司规章制度等。若你对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。