结论：司机是否算第三方以及在司法解释内是否算雇员，不能一概而论，需要依据双方签署的短期合作经营协议的具体内容以及实际履行情况来判断。
一、司机是否算第三方
合同相对性原则：
- 在法律上，第三方通常指的是合同关系以外的主体。如果物流公司与司机签署的是短期合作经营协议，且该协议明确双方为合作关系，而非雇佣关系，那么司机在合同关系上并不直接属于物流公司的内部员工，从这个角度看，可以认为司机相对于物流公司的客户或其他合同方而言，是第三方。但这一判断主要基于合同关系的相对性，并不直接决定司机在法律上的身份地位。
实际履行情况：
- 除了合同文本，还需要考虑协议的实际履行情况。如果司机在实际工作中接受物流公司的全面管理，包括工作安排、考勤、薪酬支付等，那么即使合同上写的是合作经营，也可能被认定为雇佣关系，此时司机就不再是简单的第三方。
二、司机在司法解释内是否算雇员
雇佣关系的认定：
- 根据相关司法解释和法律规定，雇佣关系通常涉及一方提供劳务，另一方支付报酬，且提供劳务的一方在提供劳务过程中接受另一方的管理和指挥。如果物流公司与司机之间的协议符合这些特征，那么司机很可能被认定为雇员。
合作经营与雇佣的区别：
- 合作经营通常意味着双方共同投入资源、共同承担风险、共享收益。如果协议中明确双方为合作经营关系，且司机在合作中承担了一定的风险和责任，如自行承担车辆维护费用、保险费用等，那么司机更可能被认定为合作者而非雇员。
- 然而，如果合作经营协议实际上只是掩盖了雇佣关系的本质，即司机虽然名义上是合作者，但实际上并不承担任何风险，只是按照物流公司的指示提供劳务并获取报酬，那么这种协议可能被法院认定为无效，司机仍可能被认定为雇员。
司法实践中的考量因素：
- 在司法实践中，法院会综合考虑多种因素来判断司机是否属于雇员，包括但不限于：协议的具体内容、双方的实际履行情况、司机的工作性质、是否接受物流公司的管理和指挥、是否承担经营风险等。
三、建议
明确协议内容：
- 物流公司在与司机签署短期合作经营协议时，应明确双方的权利和义务，特别是关于工作性质、管理方式、薪酬支付、风险承担等方面的条款，以避免未来可能出现的纠纷。
咨询专业律师：
- 由于法律问题的复杂性，建议物流公司在签署此类协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低未来可能出现的法律风险。当然，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。