针对您提出的问题，即检查公司发现许多违规问题，是合并处罚还是一个问题一个案件，这主要取决于违规问题的性质、相关法律法规的规定以及监管机构的具体做法。以下是我从不同角度为您进行的分析：
违规问题的性质：
- 如果违规问题之间存在紧密的关联性，比如同一部门或同一业务环节中的多个违规行为，且这些行为共同构成了某一特定的违法事实，那么监管机构可能会倾向于将这些违规问题合并处理，作为一个案件进行调查和处罚。
- 如果违规问题之间相对独立，没有直接的关联性，或者虽然有关联但各自构成了独立的违法事实，那么监管机构可能会分别对这些违规问题进行调查和处罚，即一个问题一个案件。
相关法律法规的规定：
- 不同的法律法规对于违规行为的处罚规定可能有所不同。有些法律可能明确规定了对于特定类型的违规行为应当合并处罚，而有些法律则可能没有明确规定，或者规定了可以分别处罚。
- 因此，在处理违规问题时，需要仔细研究相关法律法规的规定，以确定是否可以合并处罚以及如何处罚。
监管机构的具体做法：
- 监管机构在处理违规问题时，通常会根据违规问题的严重程度、影响范围以及监管政策等因素来决定是否合并处罚。
- 如果监管机构认为合并处罚更有利于维护市场秩序、保护投资者利益或实现其他监管目标，那么他们可能会选择合并处罚。
- 反之，如果监管机构认为分别处罚更为合适，那么他们可能会选择一个问题一个案件进行处理。
法律建议：
- 在面对公司违规问题时，建议首先进行全面的内部调查，明确违规问题的性质、数量和关联性。
- 接着，仔细研究相关法律法规的规定，了解对于违规行为的处罚原则和具体规定。
- 最后，与监管机构进行积极沟通，了解他们的具体做法和态度，以便更好地制定应对策略。
可能的法律后果：
- 如果违规问题被合并处罚，公司可能面临更重的罚款、更严格的监管措施或更严重的声誉损失。
- 如果违规问题被分别处罚，公司可能需要分别应对多个案件，这可能会增加公司的法律成本和应对难度。
总结与进一步思考：
- 公司在面对违规问题时，应综合考虑违规问题的性质、相关法律法规的规定以及监管机构的具体做法，来决定是合并处罚还是一个问题一个案件。
- 同时，公司应加强内部合规管理，建立健全的合规制度，以预防违规问题的发生，降低法律风险。
如果您在处理公司违规问题时有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。