在检查发现两处违法行为均违反同一条法律条款的情况下，是合并处罚还是单独处罚，这主要取决于违法行为的性质、情节以及相关法律法规的具体规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
违法行为的性质与情节：
- 如果两处违法行为在性质上相似，情节上相对独立且不构成连续或继续状态，那么根据行政处罚的“一事不再罚”原则（但需注意，此原则主要针对同一违法行为，对于多个独立违法行为并不直接适用），以及具体法律法规的规定，行政机关可能会考虑对两处违法行为分别进行处罚，即单独处罚。这是因为每处违法行为都独立构成了对法律条款的违反，应当各自承担相应的法律责任。
- 如果两处违法行为在性质上紧密相关，情节上相互交织，或者构成连续或继续状态，那么行政机关可能会倾向于将两处违法行为视为一个整体进行处罚，即合并处罚。这种情况下，合并处罚能够更准确地反映违法行为的整体性和严重性，避免对同一或相关违法行为进行重复处罚。
相关法律法规的具体规定：
- 不同的法律条款对于违法行为的处罚方式可能有不同的规定。有些法律条款可能明确规定了对于多处违法行为的处罚方式，如合并处罚或单独处罚。在这种情况下，行政机关应当严格按照法律法规的规定进行处罚。
- 如果法律条款没有明确规定对于多处违法行为的处罚方式，那么行政机关在处罚时应当遵循合法、合理、公正的原则，根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素进行综合判断，决定是合并处罚还是单独处罚。
实践中的操作：
- 在实践中，行政机关在处罚多处违法行为时，通常会考虑违法行为的整体性和严重性，以及处罚的公正性和合理性。如果两处违法行为相对独立且情节较轻，可能会选择单独处罚；如果两处违法行为紧密相关且情节较重，可能会选择合并处罚。
- 此外，行政机关在处罚时还会考虑违法者的主观恶性、是否初犯、是否配合调查等因素，这些因素也可能影响处罚方式的选择。
建议：
- 对于具体案件中的处罚方式选择，建议违法者或相关当事人及时咨询专业律师，了解相关法律法规的规定和行政机关的处罚实践，以便更好地维护自己的合法权益。
- 同时，违法者或相关当事人也应当积极配合行政机关的调查和处理工作，如实陈述事实、提供证据，以便行政机关能够准确判断违法行为的性质和情节，作出公正合理的处罚决定。
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