在行政处罚案件调查期间，如果又发现当事人的违法行为，是否合并处理需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 违法行为之间的关联性：

   • 如果新发现的违法行为与正在调查的违法行为存在直接关联，例如是同一行为的不同阶段或同一行为导致的多个后果，那么通常会将两者合并处理。这样做有助于全面、准确地查明事实，确保处罚的公正性和合理性。
   • 如果新发现的违法行为与正在调查的违法行为无直接关联，是独立的、新的违法行为，那么一般不会合并处理。行政机关会分别对新旧违法行为进行调查，并根据各自的违法情节和法律规定分别作出处罚决定。

2. 行政处罚的时效性：

   • 行政处罚的时效性是指行政机关对违法行为进行处罚的期限限制。如果新发现的违法行为仍在行政处罚的时效期内，且符合合并处理的条件，那么行政机关可以考虑合并处理。
   • 如果新发现的违法行为已经超出了行政处罚的时效期，那么行政机关将无法再对该违法行为进行处罚，自然也就无法合并处理。

3. 行政机关的裁量权：

   • 行政机关在处理违法行为时享有一定的裁量权。这包括是否合并处理、如何合并处理等方面的裁量。行政机关会根据违法行为的性质、情节、社会危害程度以及当事人的态度等因素，综合考虑是否合并处理。
   • 在行使裁量权时，行政机关应当遵循合法、合理、公正、公开的原则，确保处罚的适当性和有效性。

4. 法律程序的要求：

   • 无论是否合并处理，行政机关在处理违法行为时都必须遵循法定的程序要求。这包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等环节。
   • 如果合并处理，行政机关需要确保新旧违法行为的调查取证工作都符合法定要求，避免因程序瑕疵导致处罚决定被撤销或变更。

法律建议：

• 对于当事人而言，如果面临行政处罚案件调查期间又发现新违法行为的情况，应当积极配合行政机关的调查工作，如实陈述事实、提供证据。
• 同时，当事人也有权对行政机关的处罚决定提出陈述申辩或申请行政复议、提起行政诉讼等法律救济途径。
• 如果您对具体案件的处理存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。