鉴定机构进行匿名鉴定时，仅有样本而没有申请书，通常是不符合规范要求的，一般不能直接进行鉴定。以下从不同角度进行分析：

1. 从鉴定程序合法性角度：

   • 鉴定程序通常需要遵循一定的法定流程和规范。申请书是启动鉴定程序的重要文件，它明确了鉴定的目的、要求、双方当事人的基本信息（在非匿名情况下）以及鉴定事项等关键内容。没有申请书，鉴定机构难以确定鉴定的合法性和正当性来源，也无法明确鉴定的具体范围和要求，这可能导致鉴定程序存在瑕疵，影响鉴定结果的合法性和有效性。

2. 从鉴定机构内部管理角度：

   • 鉴定机构为了规范自身的管理和操作流程，通常会要求提交完整的鉴定申请材料，包括申请书。这是鉴定机构进行案件登记、分配鉴定人员、安排鉴定进度等内部管理工作的基础。没有申请书，鉴定机构可能无法进行有效的内部管理和流程控制，增加管理成本和风险。

3. 从证据效力角度：

   • 如果鉴定是在诉讼或仲裁等法律程序中使用的，那么鉴定结果的证据效力是至关重要的。没有申请书的鉴定，可能在法庭或仲裁庭上受到质疑，因为对方可能会主张鉴定程序不合法或存在瑕疵，从而影响鉴定结果的采信。

4. 特殊情况下的例外：

   • 虽然一般情况下没有申请书不能进行鉴定，但在某些特殊情况下，如紧急情况下的鉴定、当事人双方协商一致并同意简化程序等，鉴定机构可能会根据具体情况进行灵活处理。然而，这种情况需要鉴定机构有明确的内部规定或得到相关法律程序的特别授权，并且通常需要事后补办相关手续。