在工伤发生并获得工伤保险赔偿后，员工是否还能继续起诉公司，这确实是一个涉及法律程序和权益保护的重要问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿协议的有效性及可诉性
协议存在瑕疵：
- 如果工伤赔偿协议是在欺诈、胁迫、乘人之危或显失公平等情形下签订的，员工有权根据《民法典》的相关规定，向法院提起诉讼，请求撤销该赔偿协议，并要求按照法定标准重新进行赔偿。
- 若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，同样可能被认定为无效或可撤销，员工可以依法维权。
协议合法有效：
- 如果赔偿协议是双方真实意思表示，内容不违反法律法规，且不存在上述瑕疵情形，那么双方应当按照协议履行。此时，若员工反悔并提起诉讼，通常不会得到法院的支持。
二、赔偿未涵盖全部损失的情形
新的工伤待遇项目或费用出现：
- 工伤赔偿后，如果员工因工伤引发了新的病情或产生了后续治疗费用，而这些费用在之前的赔偿中并未涵盖，员工可以根据《工伤保险条例》的相关规定，就新产生的费用向法院提起诉讼，要求用人单位承担赔偿责任。
原赔偿计算错误或遗漏项目：
- 在工伤赔偿过程中，如果由于计算错误或遗漏了某些赔偿项目，导致员工获得的赔偿不完整，员工有权通过诉讼要求用人单位补足差额。例如，一次性伤残补助金的计算错误或使用错误的工资标准，员工可以要求按照正确的标准重新计算并补足差额。
三、对工伤认定结果或赔偿数额有争议的情形
对工伤认定结果不服：
- 根据《工伤保险条例》第五十五条，如果员工或其近亲属、用人单位对工伤认定结论存在异议，可以在收到工伤认定决定书之日起60日内向作出决定的行政机关的上一级主管部门或同级人民政府申请行政复议，或在6个月内向人民法院提起行政诉讼。
对工伤赔偿数额或处理程序有争议：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，如果员工对工伤赔偿的具体金额、支付方式等存在争议，需先通过劳动仲裁解决。若对劳动仲裁结果不满意，可自收到仲裁裁决书之日起15日内向法院提起诉讼。
四、用人单位未履行赔偿协议
- 如果用人单位在与员工达成工伤赔偿协议后，不按照协议约定履行赔偿义务，员工可以向法院提起诉讼，要求用人单位履行协议并支付相应的赔偿款项。在获得胜诉判决后，若用人单位仍不履行，员工还可以向法院申请强制执行。
总结与建议
明确争议焦点：员工在考虑是否起诉公司时，应首先明确争议焦点，是对工伤认定结论不满，还是对赔偿金额或程序有异议。
遵循法定程序：根据争议焦点的不同，员工应遵循相应的法定程序进行维权，如行政复议、行政诉讼或劳动仲裁等。
及时行使权利：员工应严格遵守各环节的时效要求，避免因超期导致权益受损。
咨询专业律师：在处理此类问题时，建议员工咨询专业律师以获取更准确的法律意见和支持，确保自己的合法权益得到有效维护。