结论：开发商在购房款未付清的情况下开具普通发票，本身并不直接违反法律规定，但需结合具体交易模式、合同约定及税务合规性综合判断其合法性。 以下是具体分析：

1. 发票开具的税务合规性

根据《中华人民共和国发票管理办法》及增值税相关规定，发票的开具应与实际交易内容相符。若开发商已实际交付房屋（或部分交付），且购房者已支付部分款项，开发商按已收款项开具普通发票（如预收款发票或分期发票），属于合法操作。但需注意：

• 发票类型：若房屋未交付或未达到合同约定的付款节点，开发商提前开具普通发票可能涉及税务风险（如虚开发票）。
• 金额匹配：发票金额应与实际收到的款项一致，不得虚增或少开。

2. 合同约定的优先性

购房合同中若明确约定“付款方式为分期支付，开发商按实际收款开具发票”，则未付清全款时开具普通发票符合合同约定，合法有效。但若合同约定“付清全款后开具发票”，则开发商提前开票可能构成违约，购房者可依据合同主张权利。

3. 潜在风险点

• 购房者风险：若开发商未付清全款即开票，可能影响购房者后续维权（如房屋质量问题索赔时，发票可能被作为“已验收”的间接证据）。
• 开发商风险：若未收到全款却开具全款发票，可能面临税务稽查风险（如被认定为“未收款项先确认收入”），甚至被要求补缴税款及滞纳金。

4. 实务建议

• 购房者：核对发票金额与实际付款是否一致，保留付款凭证；若合同约定付清全款后开票，可要求开发商出具书面说明（如“因XX原因提前开票，不影响后续付款及交房义务”）。
• 开发商：严格按合同约定及实际收款情况开票，避免提前开具全款发票；若需提前开票，应与购房者签订补充协议明确权利义务。

总结：未付清全款时开普通发票的合法性需结合税务规定、合同约定及交易实际判断。若您遇到具体纠纷（如开发商拒开发票、发票金额不符等），可直接向我咨询，我会结合细节为您分析维权路径。