结论前置：在您描述的情况下，一般可以以区政府为被告提起行政诉讼，但具体还需结合实际情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在征地拆迁过程中，如果区政府作为征收主体，在没有合法征地批文的情况下启动拆迁，并且房屋被半夜偷拆，这一行为很可能构成违法行政行为，侵犯了您的合法权益。
二、被告资格的确定
区政府作为征收主体：如果区政府是征地拆迁的征收主体，并且直接参与了拆迁行为，那么您当然有权以区政府为被告提起行政诉讼。
区政府下属部门或单位的行为：如果实际拆迁行为是由区政府的下属部门或单位（如拆迁办、街道办事处等）实施的，但这些行为是在区政府的授权或指示下进行的，或者区政府对这些行为负有监督和管理责任，那么您仍然可以以区政府为被告。因为根据行政诉讼法的规定，行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告。
特殊情况：如果拆迁行为完全是由区政府下属部门或单位自主实施的，且区政府对此并不知情或未参与，那么理论上您应该以实际实施拆迁行为的部门或单位为被告。但在实践中，这种情况较为少见，且往往伴随着复杂的法律关系和证据收集问题。
三、诉讼策略与建议
收集证据：在提起诉讼前，您需要收集充分的证据来证明区政府或其下属部门、单位实施了违法拆迁行为。这些证据可以包括现场照片、视频、证人证言、政府文件等。
确定诉讼请求：根据您的具体情况和诉求，确定合理的诉讼请求。例如，您可以要求确认拆迁行为违法、要求区政府赔偿损失、要求恢复原状等。
咨询专业律师：虽然我可以为您提供一些基本的法律建议，但征地拆迁案件往往涉及复杂的法律关系和证据收集问题。因此，我建议您在提起诉讼前咨询一位专业律师，以便更全面地了解您的权利和义务，以及诉讼的风险和可能的结果。
四、可能的法律后果
确认拆迁行为违法：如果法院认定拆迁行为违法，那么区政府或其下属部门、单位将承担相应的法律责任。
赔偿损失：如果拆迁行为给您造成了损失，法院可能会判决区政府或其下属部门、单位赔偿您的损失。
恢复原状：在特定情况下，法院可能会判决恢复原状，即要求区政府或其下属部门、单位将您的房屋恢复到拆迁前的状态。
最后，征地拆迁案件往往涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，在处理这类案件时，我建议您保持冷静和理性，积极收集证据并咨询专业律师的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。