结论：公司以员工未上报重大疾病为由拒绝支付医疗补助费是否违法，需根据具体情况判断，若公司未依法建立重大疾病上报制度，或制度未明确告知员工，则公司拒绝支付医疗补助费的行为违法；若公司已依法建立制度并明确告知员工，员工未履行上报义务且该行为与医疗补助费支付存在直接关联，则公司可能不违法，但需严格审查制度合法性及因果关系。以下从不同角度详细分析：

一、公司是否依法建立重大疾病上报制度

1. 若公司未建立制度
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位有义务保障劳动者在患病或非因工负伤期间的合法权益，包括支付医疗补助费。若公司未依法建立重大疾病上报制度，或未在劳动合同、员工手册等文件中明确告知员工需上报重大疾病，则公司以“未上报”为由拒绝支付医疗补助费缺乏法律依据，属于违法行为。

2. 若公司已建立制度
   若公司已依法建立重大疾病上报制度，并明确告知员工需在确诊后一定期限内上报，则需进一步审查员工是否履行了上报义务。

二、员工是否履行上报义务

1. 员工已履行上报义务
   若员工已按公司制度要求上报重大疾病，公司仍拒绝支付医疗补助费，则公司行为违法。员工可依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付医疗补助费及可能的经济补偿。

2. 员工未履行上报义务

   • 若制度合法且员工行为与医疗补助费支付存在直接关联：若公司制度合法有效，且员工未上报重大疾病的行为直接导致公司无法及时安排医疗期、调整工作岗位或采取其他必要措施，进而影响医疗补助费的支付，则公司可能以“未上报”为由拒绝支付。但需注意，公司需证明员工未上报行为与医疗补助费支付之间存在直接因果关系，且制度中明确规定了未上报的后果。
     
   • 若制度不合法或员工行为与医疗补助费支付无直接关联：若公司制度存在违法内容（如要求员工承担不合理证明责任、设置过早上报期限等），或员工未上报行为并未影响医疗补助费的支付（如公司已通过其他途径知晓员工病情），则公司拒绝支付医疗补助费的行为仍属违法。

三、医疗补助费的支付条件

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及地方性法规，医疗补助费的支付通常与员工的医疗期、病情严重程度及是否丧失劳动能力等因素相关。公司不得仅以“未上报重大疾病”为由拒绝支付医疗补助费，除非该行为直接导致公司无法履行法定支付义务。

四、法律建议

1. 对员工而言：

   • 若公司拒绝支付医疗补助费，可首先审查公司制度是否合法有效，以及自己是否履行了上报义务。
     
   • 若公司制度不合法或自己已履行上报义务，可依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付医疗补助费及可能的经济补偿。
     
   • 保留相关证据（如诊断证明、上报记录、公司制度文件等），以便在争议中维护自身权益。

2. 对公司而言：

   • 若希望以“未上报重大疾病”为由拒绝支付医疗补助费，需确保制度合法有效，并明确告知员工上报义务及后果。
     
   • 在拒绝支付前，需充分审查员工未上报行为与医疗补助费支付之间的因果关系，避免因证据不足而承担违法责任。
     
   • 考虑通过协商、调解等方式解决争议，以降低法律风险及成本。

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