结论：关于村党员大会群众代表充分讨论后将农村的小学校卖给城市人，且县里颁发了房产证是否合法的问题，不能一概而论，需要从多个角度进行分析，包括土地性质、产权归属、交易程序以及房产证颁发的合法性等。
分析：
土地性质与产权归属：
- 农村小学校所占用的土地，其性质通常为集体所有土地，用于教育等公共事业。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，集体所有土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设，除非符合土地利用总体规划并依法取得建设用地使用权。
- 如果小学校所占用的土地并未依法转为国有土地，或者并未获得相应的建设用地使用权，那么将其出售给城市人可能涉及非法转让集体土地使用权的问题，这是违法的。
交易程序：
- 即便土地性质允许转让，且产权归属清晰，交易程序也必须合法合规。这包括但不限于：经过村民会议或村民代表会议的同意、进行公开招标或拍卖、签订合法的买卖合同、办理相关的审批手续等。
- 如果交易程序存在瑕疵，如未经村民会议同意、未进行公开招标或拍卖、未签订合法合同等，那么交易本身可能无效，县里颁发的房产证也可能因此失去合法基础。
房产证颁发的合法性：
- 房产证的颁发应当基于合法的土地使用权和房屋所有权。如果土地使用权或房屋所有权存在争议或违法情况，那么颁发的房产证也是不合法的。
- 县里在颁发房产证时，应当对土地使用权和房屋所有权进行严格的审查。如果审查不严或存在疏忽，导致颁发了不合法的房产证，那么相关责任部门可能需要承担相应的法律责任。
建议：
- 对于此类问题，建议首先核实土地的性质和产权归属情况，确保交易符合土地利用总体规划和相关法律法规的规定。
- 其次，要确保交易程序合法合规，包括经过村民会议或村民代表会议的同意、进行公开招标或拍卖、签订合法的买卖合同等。
- 最后，如果县里已经颁发了房产证，但存在上述违法情况，建议及时向相关部门反映并申请撤销或更正房产证。
后续行动：
- 如果您是相关当事人或对此事有进一步了解的需求，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。
- 同时，也建议您在处理此类问题时，务必咨询专业律师或相关部门的意见，以确保您的权益得到合法保护。