结论前置：当公司将员工外包给第三方公司后，劳动者在进行劳动仲裁时，应根据具体的外包形式来确定被申请人。在劳务派遣形式下，劳务派遣单位和实际用工单位可能被列为共同被申请人；在业务外包形式下，一般以外包公司为被申请人，但发包企业在特定情况下也可能承担法律责任。
详细分析：
劳务派遣形式下的仲裁被申请人确定：
- 劳务派遣单位：作为与劳动者签订劳动合同的用人单位，劳务派遣单位是法定的被申请人。它承担着支付工资、缴纳社保等用人单位的主要责任。如果劳动者遇到工资拖欠、未缴纳社保等问题，可以直接将劳务派遣单位作为被申请人进行劳动仲裁。
- 实际用工单位：在某些情况下，实际用工单位也可能被列为共同被申请人。例如，当用工单位存在违法退回劳动者、未按照约定提供劳动条件（如随意延长工作时间且不支付加班费）等侵害劳动者权益的行为时，劳动者可以将其与劳务派遣单位一并告上仲裁庭，要求用工单位承担相应的责任。
业务外包形式下的仲裁被申请人确定：
- 外包公司：在业务外包形式下，劳动者与实际工作的外包公司存在劳动关系。因此，如果产生劳动纠纷，如工资拖欠、未签订劳动合同等，一般以该外包公司作为被申请人进行劳动仲裁。
- 发包企业：虽然发包企业通常不直接与劳动者建立劳动关系，但如果发包企业存在一些特定违法行为，如明知外包公司没有合法资质仍然将业务发包，或者直接干预外包员工的工作管理等，导致劳动者权益受损，那么发包企业也可能需要承担一定的法律责任。在这种情况下，劳动者也可以将发包企业列为共同被申请人进行劳动仲裁。
申请劳动仲裁的注意事项：
- 提交书面仲裁申请：劳动者在申请劳动仲裁时，应提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应载明劳动者的个人信息、用人单位的名称和地点、仲裁请求及其依据的事实和理由、证据及其来源和证人信息等。
- 仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时采取行动，通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 口头申请：如果书写仲裁申请有困难，劳动者可以口头提出申请，由劳动争议仲裁委员会记录并通知对方当事人。
举例说明：
假设小张被A公司劳务派遣至B公司工作，后因B公司未按照约定提供劳动条件且拖欠工资，小张决定进行劳动仲裁。在此情况下，小张可以将A公司（劳务派遣单位）和B公司（实际用工单位）列为共同被申请人进行劳动仲裁。
再假设小李被C公司招聘后，实际在D公司（C公司的业务外包方）工作，后因D公司未签订劳动合同且拖欠工资，小李决定进行劳动仲裁。在此情况下，小李一般应以D公司为被申请人进行劳动仲裁。但如果C公司存在明知D公司没有合法资质仍然将业务发包等违法行为，导致小李权益受损，小李也可以将C公司列为共同被申请人。
后续建议：
在进行劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以证明自己与用人单位之间的劳动关系以及用人单位的违法行为。同时，劳动者也可以咨询专业律师（比如我，文欣律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。