结论：被动辞职通知书发出后，公司要求协商仍然有效，但具体效力及后续处理需根据通知书内容、双方协商情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、从通知书性质与协商效力的角度
通知书性质：被动辞职通知书，通常指员工因公司存在违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等）或满足其他法定条件（如劳动合同到期、公司提出协商解除等），而向公司发出的解除劳动合同的通知。这种通知书一旦发出，即表明员工已决定解除劳动合同，并可能依据相关法律规定主张经济补偿或赔偿。
协商效力：尽管员工已发出被动辞职通知书，但公司仍有权在通知书发出后与员工进行协商。协商的内容可能涉及解除劳动合同的具体时间、经济补偿的数额、离职手续的办理等。如果双方能够就这些事项达成一致，并签订书面协议，那么该协议将具有法律效力，双方应按照协议履行各自义务。
二、从法律规定与实际操作的角度
法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在特定情况下有权解除劳动合同，并主张经济补偿。同时，该法也鼓励双方通过协商解决劳动争议。因此，即使员工已发出被动辞职通知书，公司要求协商并不违反法律规定。
实际操作：在实际操作中，员工发出被动辞职通知书后，公司可能会出于多种原因（如希望减少经济损失、维护公司形象等）而要求与员工进行协商。此时，员工可以根据自身情况和需求，决定是否接受协商以及协商的具体内容。如果员工认为协商条件合理且符合自身利益，可以与公司签订书面协议；如果员工认为协商条件不合理或不符合自身利益，可以拒绝协商并坚持按照通知书内容执行。
三、从可能产生的法律后果的角度
协商成功：如果双方协商成功并签订书面协议，那么该协议将成为双方解除劳动合同的依据。双方应按照协议履行各自义务，如支付经济补偿、办理离职手续等。如果一方未履行协议义务，另一方有权依法追究其法律责任。
协商失败：如果双方协商失败或员工拒绝协商，那么员工可以按照通知书内容执行解除劳动合同的决定。此时，公司应依法支付员工应得的经济补偿（如有），并办理离职手续。如果公司未依法支付经济补偿或办理离职手续，员工有权依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
建议：在处理此类问题时，建议你注意以下几点：
保留证据：在发出被动辞职通知书前，确保已收集并保留好相关证据（如公司违法行为证明、劳动合同等），以便在协商或仲裁/诉讼过程中证明自己的主张。
谨慎协商：在协商过程中，保持冷静和理性，明确自己的需求和底线。不要轻易接受不合理的协商条件，也不要因情绪激动而做出不利于自己的决定。
寻求专业帮助：如果你对协商过程或结果存在疑虑或不确定，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自身合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。