领导以工作不合格为由扣除工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法扣除工资的情形
劳动者自身过错导致损失：
- 如果劳动者因故意或重大过失给用人单位造成了经济损失，并且劳动合同中有明确约定，用人单位可以要求劳动者赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但扣除的比例和金额必须符合法律规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 例子：假设员工因疏忽导致公司货物损坏，损失金额为2000元，员工月工资为5000元。根据规定，公司每月最多只能扣除员工工资的20%，即1000元，且扣除后员工工资不得低于当地最低工资标准。若当地最低工资标准为2000元，则公司每月可扣除1000元，分两个月扣除完毕。
绩效考核不达标且制度合法：
- 如果用人单位有合法有效的绩效考核制度，并且该制度已经向劳动者公示或告知，那么当劳动者绩效考核不达标时，用人单位可以根据制度规定扣除相应的绩效工资。但同样需要确保扣除的金额和方式符合法律规定。
- 例子：公司规定员工绩效考核不达标时，可扣除当月绩效工资的30%。若员工月绩效工资为2000元，因考核不达标，公司可扣除600元绩效工资。
二、不合法扣除工资的情形
无合理依据的扣款：
- 如果用人单位没有合法有效的规章制度或劳动合同约定作为依据，就随意扣除劳动者的工资，这是不合法的行为。
超过法定比例的扣款：
- 即使劳动者存在过错或绩效考核不达标，用人单位也不能随意扣除其工资。扣除的比例和金额必须严格遵守法律规定，否则将构成违法行为。
违反最低工资标准的扣款：
- 如果扣除工资后，劳动者的剩余工资低于当地月最低工资标准，这也是不合法的行为。
三、应对建议
了解法律法规：
- 劳动者应主动了解相关法律法规，明确自己的权益和义务。特别是关于工资支付、绩效考核、经济损失赔偿等方面的规定。
保留证据：
- 如遇到工资被扣除的情况，劳动者应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、工作成果、绩效考核表等，以便在必要时维护自己的合法权益。
协商解决：
- 首先尝试与用人单位进行协商，了解扣款的具体原因和依据，并寻求合理的解决方案。在协商过程中，劳动者可以提出自己的诉求和理由，争取达成双方都能接受的协议。
投诉举报：
- 如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并维护劳动者的合法权益。
申请仲裁或诉讼：
- 在必要时，劳动者还可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。劳动仲裁或诉讼是解决劳动纠纷的最终途径，劳动者可以通过法律手段来维护自己的权益。
总结来说，领导以工作不合格为由扣除工资是否合法，取决于具体情况和法律规定。劳动者应了解自己的权益和义务，保留好相关证据，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。