结论：能否起诉开票公司需分情况讨论，主要取决于开票行为是否违反法律规定以及是否给你造成实际损失。以下分情况具体说明：

1. 若开票公司存在虚开发票等违法行为
   根据《发票管理办法》第二十二条，虚开发票包括为他人开具与实际经营业务情况不符的发票、让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票等情形。如果开票公司应你或你指定公司的要求，开具了与实际工程业务不符的发票（例如虚构交易、金额不实等），这种行为涉嫌违法。
   若因该违法行为导致你面临税务处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款等），或因发票问题无法正常结算工程款等实际损失，你可以以开票公司为被告，向法院提起民事诉讼，要求其赔偿你的损失。同时，你还可以向税务机关举报开票公司的违法行为，由税务机关对其进行行政处罚。

2. 若开票行为合法，但存在其他违约或侵权情形
   如果开票公司按照实际工程业务情况开具了发票，但存在其他违约或侵权行为，例如未按照约定时间开具发票、开具的发票不符合税务机关要求导致你无法正常使用等，给你造成了损失（如工程款结算延迟产生的利息损失等），你也可以起诉开票公司，要求其承担违约责任或侵权责任，赔偿你的损失。在这种情况下，你需要提供证据证明开票公司存在违约或侵权行为，以及该行为与你的损失之间存在因果关系。

3. 若开票行为合法且无其他违约或侵权情形
   如果开票公司完全按照法律规定和合同约定开具了发票，不存在任何违法行为或其他违约、侵权情形，那么你一般无法起诉开票公司。因为开票公司已经履行了其应尽的义务，没有对你造成损害，不满足起诉的构成要件。

建议：你可以先收集相关证据，如工程合同、发票、与开票公司的沟通记录等，分析开票公司的行为是否违法或违约，以及是否给你造成了实际损失。如果有问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。