结论：
经侦部门在上游公司涉嫌虚开发票案件中，即使法人未到案，仍可依法对下游公司展开调查。这是基于案件侦查的客观需要和法律赋予的职权，但调查过程需严格遵循法定程序，并注意证据的合法性、关联性及证明力。以下从法律程序、证据规则、实务操作三个角度展开说明：

1. 法律程序角度：侦查权独立于当事人到案状态

根据《刑事诉讼法》第115条，公安机关对刑事案件的侦查权具有独立性，其启动和推进不依赖于犯罪嫌疑人是否到案。在虚开发票案件中，若上游公司已涉嫌犯罪（如《刑法》第205条虚开增值税专用发票罪），经侦部门可基于以下程序展开调查：

• 立案阶段：只需存在犯罪事实需要追究刑事责任（如上游公司虚开发票的客观证据），即可立案，无需法人到案；
  
• 侦查阶段：可依法对下游公司采取询问、调取账目、查封扣押等措施，即使上游法人未归案，也不影响对下游交易真实性的核查；
  
• 强制措施：若下游公司相关人员涉嫌共同犯罪或掩饰、隐瞒犯罪所得，可依法采取刑事强制措施，与上游法人是否到案无关。
  

实务提示：若下游公司被调查，其法定代表人或财务人员有义务配合调查（如提供合同、资金流水等），拒绝配合可能涉嫌《刑法》第310条包庇罪或第311条拒绝提供间谍犯罪证据罪（视案件性质而定）。

2. 证据规则角度：下游交易是证明上游犯罪的关键环节

虚开发票案件的核心是证明“无真实交易”或“交易异常”，而下游公司的账目、资金流向、物流信息等是直接证据。即使上游法人未到案，经侦部门仍可通过以下方式固定证据：

• 书证：调取下游公司的采购合同、发票、付款凭证等，核对与上游公司开票信息是否一致；
  
• 电子数据：分析下游公司银行账户资金回流情况（如“资金空转”），证明交易虚假；
  
• 证人证言：询问下游公司员工、业务员，核实交易背景及目的；
  
• 鉴定意见：委托税务机关或专业机构对发票真实性、交易合理性进行鉴定。
  

关键点：若下游公司能提供完整、真实的交易证据（如实际货物运输单据、仓储记录等），可反驳“虚开”指控；反之，若交易存在异常（如开票方与供货方不一致、资金回流至个人账户等），则可能被认定为共同犯罪或知情不报。

3. 实务操作角度：下游公司需主动应对以降低风险

若下游公司被经侦部门调查，建议采取以下措施：

• 内部核查：立即梳理与上游公司的交易记录，重点检查合同、发票、资金、物流“四流合一”情况；
  
• 法律合规：若发现交易异常（如部分业务无实际货物），主动向税务机关补缴税款、滞纳金，争取从轻处理；
  
• 配合调查：如实提供证据，避免隐瞒或伪造，否则可能加重刑事责任；
  
• 咨询律师：在接受询问前，由律师陪同，确保陈述内容合法、有效，避免自证其罪。
  

风险提示：若下游公司被认定参与虚开发票，可能面临双重责任：

• 刑事责任：根据《刑法》第205条，单位可判处罚金，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可处有期徒刑或拘役；
  
• 行政责任：税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款。
  

如需进一步分析具体案件中的证据链或应对策略，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供专业建议。