结论概述：工厂一年没收入还发工资，是否会被查取决于多种因素，包括工厂的财务状况、税务合规性、劳动合同履行情况等。一般来说，只要工厂在财务和税务上合规，且按照劳动合同约定支付工资，就不会因为发工资而被查。但如果存在财务造假、偷税漏税或违反劳动合同等违法行为，则可能面临相关部门的调查。

详细分析：

1. 财务与税务合规性：

   • 工厂作为企业，需要按照相关法律法规进行财务和税务申报。如果工厂一年没有收入，但在财务和税务上保持合规，如实申报了财务状况和税务情况，那么发工资本身并不会成为被查的原因。
   • 如果工厂存在财务造假、偷税漏税等违法行为，那么无论是否发工资，都可能面临税务、工商等部门的调查。在这种情况下，发工资可能成为调查的一个线索或方面，但并非直接原因。

2. 劳动合同履行情况：

   • 工厂与员工之间签订了劳动合同，约定了工资支付等条款。只要工厂按照劳动合同的约定支付工资，就履行了合同义务，不会因此被查。
   • 如果工厂未按照劳动合同约定支付工资，如拖欠工资、克扣工资等，那么员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在这种情况下，工厂可能因违反劳动合同而面临调查和处理。

3. 其他可能的调查原因：

   • 除了财务和税务合规性、劳动合同履行情况外，工厂还可能因其他原因被查，如环保不达标、安全生产问题等。但这些原因与发工资无直接关联。
   • 如果工厂涉及违法犯罪活动，如非法经营、诈骗等，那么无论是否发工资，都可能面临相关部门的调查和处理。

法律建议：

• 保持财务和税务合规：工厂应建立健全的财务和税务管理制度，确保财务和税务申报的真实性和准确性。这有助于避免不必要的调查和风险。
• 履行劳动合同义务：工厂应严格按照劳动合同的约定支付工资和其他福利待遇，确保员工的合法权益得到保障。这有助于维护良好的劳动关系和工厂声誉。
• 积极应对调查：如果工厂确实面临相关部门的调查，应积极配合调查工作，提供必要的资料和证据。同时，可以寻求专业律师的帮助，以维护自身的合法权益。

可能后果：

• 如果工厂在财务和税务上合规，且按照劳动合同约定支付工资，那么一般不会面临被查的风险。
• 如果工厂存在违法行为或违反劳动合同的情况，可能面临罚款、补缴税款、支付赔偿金等法律后果。在严重情况下，还可能面临刑事责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。