关于部门总提成留一部分做部门备用金是否合理的问题，这主要取决于公司的财务管理制度以及相关法律法规的规定。以下是我为您提供的详细分析：

首先，从公司财务自主权的角度来看，根据一些地方财政部门落实企业财务自主权的措施（如省财厅的相关措施），企业在保证财产保值、增值的前提下，是有权自主确定税后留利中各项基金的比例和用途的，但通常需要报同级财政部门备案。这意味着，如果公司内部有相应的财务管理制度，并且该制度得到了相关财政部门的认可或备案，那么部门从总提成中留一部分作为备用金，在制度上是可行的。

其次，我们需要考虑备用金的用途和管理是否符合规定。备用金通常用于应对突发的小额支出，如出差人员的差旅费、单位购置零星办公用品等。如果部门留存的备用金是用于这些合理且必要的支出，并且有专人负责管理，建立了完善的备用资金管理制度（如设置现金日记账、实行日清月结等），那么这种做法是合理的。

然而，如果部门留存的备用金没有明确的用途和管理制度，或者备用金的使用超出了合理的范围（如用于支付项目工程款、应通过打卡发放的补助等），那么这种做法就可能存在问题。这不仅可能违反公司的财务管理制度，还可能触犯相关的法律法规。

此外，我们还需要考虑公司内部的其他规定和流程。例如，公司是否对部门留存备用金有明确的限额或审批流程？部门在留存备用金前是否经过了相关领导的审批？这些因素都会影响部门留存备用金的合理性。

综上所述，部门总提成留一部分做部门备用金是否合理，取决于公司的财务管理制度、相关法律法规的规定以及备用金的具体用途和管理情况。如果部门在留存备用金前能够充分考虑这些因素，并建立完善的备用资金管理制度，那么这种做法是可行的。但为了避免潜在的风险和问题，建议部门在留存备用金前先咨询公司财务部门或相关领导的意见，并确保备用金的使用和管理符合公司的规定和法律法规的要求。