结论：承包协议中公司要求个人缴纳保证金是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、保证金性质与合法性分析

1. 保证金作为履约担保的合法性
   若保证金是作为个人履行承包协议义务的担保（如工程质量、工期等），且双方在协议中明确约定了保证金的性质、金额、退还条件等，这种安排通常不违法。但需注意：

   • 金额合理性：保证金金额应与合同标的、风险程度相适应，不得过高（如超过合同总价的20%可能被认定为不合理）。
     
   • 退还机制：协议应明确保证金在个人完全履行义务后无息退还，避免公司以各种理由扣留。
     

2. 保证金作为“押金”或“预付款”的合法性
   若保证金被公司单方面定义为“押金”或“预付款”，且未明确退还条件，可能涉嫌违法。根据《民法典》相关规定，合同条款应公平合理，不得单方面加重一方责任。若公司利用优势地位强制个人缴纳保证金，可能构成“霸王条款”，个人可主张条款无效。

二、公司要求个人缴纳保证金的常见风险点

1. 公司资质问题
   若公司本身不具备承包工程的资质（如未取得建筑施工企业资质证书），其与个人签订的承包协议可能无效。此时，公司要求个人缴纳保证金的行为也缺乏合法依据，个人有权要求退还。

2. 保证金用途不明
   若公司未明确保证金的具体用途（如是否用于抵扣工程款、赔偿损失等），或未将保证金存入专用账户，可能涉嫌挪用资金或非法集资。个人需谨慎对待此类要求，避免资金风险。

3. 个人权益保护
   即使保证金条款合法，个人也应要求公司在协议中明确以下内容：

   • 保证金的缴纳方式、时间、金额；
     
   • 保证金的退还条件、时间、方式；
     
   • 公司违约时的赔偿责任（如未按时退还保证金的利息或违约金）。

三、法律建议

1. 审查协议条款
   个人在签订承包协议前，应仔细审查保证金条款，确保其合法、合理、明确。若对条款有疑问，可要求公司解释或修改。

2. 保留证据
   个人应保留与保证金相关的所有证据（如转账记录、收据、协议文本等），以便在发生纠纷时维护自身权益。

3. 协商或诉讼
   若公司拒绝退还保证金或存在其他违约行为，个人可先与公司协商解决；协商无果的，可向法院提起诉讼，要求公司退还保证金并赔偿损失。

总结：承包协议中公司要求个人缴纳保证金是否违法，需结合保证金性质、公司资质、协议条款等因素综合判断。个人在签订协议前应谨慎审查条款，保留证据，并在必要时寻求法律帮助。如有具体问题，可直接向我咨询。