结论：公司借款给员工，员工不还且已过诉讼时效的情况下起诉，公司可能面临败诉风险，但并非绝对，具体需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，如果公司借款给员工，员工未按时还款，公司应在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
二、超过诉讼时效的法律后果
胜诉权丧失：一旦超过诉讼时效，公司虽然仍可以向法院提起诉讼，但被告（即员工）可以提出诉讼时效抗辩，法院将不再保护公司的胜诉权，即公司可能面临败诉的风险。
实体权利不消灭：尽管公司可能丧失胜诉权，但其实体权利（即债权）并不因此消灭。如果员工自愿履行还款义务，公司仍有权接受。
三、特殊情况下的诉讼时效中断与重新计算
在特定情况下，诉讼时效可以中断并重新计算。根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条的规定，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：
权利人向义务人提出履行请求：如果公司在诉讼时效期间内向员工提出了还款请求，并保留了相关证据（如书面催款通知、短信、邮件等），则诉讼时效可以中断并重新计算。
义务人同意履行义务：如果员工在诉讼时效期间内明确表示同意还款，并保留了相关证据，同样可以导致诉讼时效中断并重新计算。
权利人提起诉讼或者申请仲裁：如果公司在诉讼时效期间内提起了诉讼或申请了仲裁，即使后来撤诉或仲裁机构未受理，诉讼时效也可以中断并重新计算。
与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形：如公司向调解组织申请调解等。
四、建议与措施
收集证据：公司应尽快收集与借款相关的所有证据，包括借款合同、转账记录、催款通知等，以证明借款事实及诉讼时效的中断情况。
评估风险：在起诉前，公司应评估超过诉讼时效的风险及可能面临的法律后果，权衡利弊后做出决策。
尝试和解：在起诉前或诉讼过程中，公司可以尝试与员工进行和解，通过协商达成还款协议，以避免诉讼风险及节省诉讼成本。
及时起诉：如果公司决定起诉，且存在诉讼时效中断的情形，应尽快向法院提起诉讼，以免错过诉讼时效的重新计算期间。
举例说明：假设公司在2020年1月1日借款给员工，约定还款期限为2020年12月31日。如果公司在2023年12月31日之前未提起诉讼，且未存在诉讼时效中断的情形，则公司可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。但如果公司在2022年1月1日向员工发出了书面催款通知，并保留了相关证据，则诉讼时效可以中断并重新计算三年，即公司可以在2025年1月1日之前提起诉讼。
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