结论：在标准工时制下，若员工双休但每天工作9小时，公司支付加班费的行为是否违法，需分情况讨论。若公司支付的加班费符合法律规定，则不违法；若支付的加班费不符合法律规定，则违法。以下为详细分析：
一、法律规定的工作时间与加班费支付标准
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
对于加班费，法律有明确规定：
- 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬。
- 休息日加班：若不能安排补休，支付不低于工资的200%的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。
二、具体情境分析
若每天工作9小时，其中1小时为工作日加班：
- 公司需支付这1小时的加班费，且加班费不得低于工资的150%。
- 若公司已按此标准支付加班费，则不违法。
若每天工作9小时，其中包含休息日加班且未安排补休：
- 假设这9小时中有部分或全部是在休息日工作，且公司未安排补休，则公司需支付这部分时间的加班费，且加班费不得低于工资的200%。
- 若公司已按此标准支付加班费，则不违法；若未支付或支付不足，则违法。
若公司支付的加班费低于法定标准：
- 无论加班时间是在工作日、休息日还是法定节假日，只要公司支付的加班费低于法定标准，即构成违法。
三、加班费计算示例
假设员工月工资为5000元，日工资为5000元/21.75天（月计薪天数）≈230元。
工作日加班1小时：
- 加班费：230元/8小时×1小时×150%≈43.13元。
休息日加班1小时（未安排补休）：
- 加班费：230元/8小时×1小时×200%≈57.5元。
四、建议
- 核实加班时间：员工应核实自己的加班时间，包括工作日、休息日和法定节假日的加班情况。
- 核对加班费：员工应核对公司支付的加班费是否符合法定标准。
- 与公司沟通：若发现公司支付的加班费不足或存在其他违法行为，员工可与公司沟通协商，要求公司补足加班费或采取其他补救措施。
- 寻求法律援助：若与公司沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。