企业扣员工在职保证金是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”这一条款直接禁止了企业以任何名义（包括在职保证金）向员工收取财物的行为。
法律后果
如果企业违反了上述规定，扣押了员工的在职保证金，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条：“用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。”这意味着，企业不仅需要退还收取的保证金，还可能面临罚款，并且如果给员工造成了损害，还需要承担赔偿责任。
实际操作建议
员工角度：如果你遇到了企业扣押在职保证金的情况，首先应该与企业进行沟通，明确指出这是违法的行为，并要求企业立即退还。如果企业拒绝退还，你可以向当地的劳动行政部门（如劳动监察大队）进行投诉，他们会依法进行处理。
企业角度：作为企业，应该严格遵守法律法规，不得扣押员工的任何证件或财物，包括在职保证金。企业可以通过其他合法的方式来管理员工，比如签订明确的劳动合同、制定合理的规章制度等，而不是通过扣押财物的方式来约束员工。
特殊情况说明
虽然一般情况下企业扣押在职保证金是不合法的，但也有一些特殊情况需要注意。比如，在某些特定行业或岗位中，可能存在一些特殊的担保要求，但这些要求通常都需要得到法律的明确许可，并且需要符合相关的程序和规定。然而，在大多数情况下，这些特殊情况并不适用于普通的在职保证金。
综上所述，企业扣员工在职保证金是不合法的行为，员工有权要求企业退还，并且企业可能面临法律处罚。如果你遇到了这样的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。