企业扣员工基金是否合法，需根据具体情况判断。以下从多个角度为你详细分析：
一、工资支付法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。用人单位仅可在法定情形下代扣工资，如代缴个人所得税、社会保险费用等。设立“员工基金”而扣工资并不在法定的代扣范围内。因此，未经员工同意擅自扣除工资作为员工基金，是违法的。
二、劳动合同与员工权益
合同约定：劳动合同是双方确立劳动关系、明确权利和义务的协议。若企业要扣除员工工资设立基金，必须在劳动合同中有明确且合法的约定。
员工自愿与强制：员工自愿参与基金并同意扣除工资是可以的，但必须是基于充分知情和自由选择。企业强制扣除则侵犯了员工的合法权益。
例外情况：如果劳动合同中明确约定了扣除条款，且该约定是双方自愿、平等协商的结果，并且不违反法律强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，扣除后的工资也不得低于当地最低工资标准。
三、基金设立与管理的合法性
基金设立：企业设立的“员工基金”必须经过合法程序，有明确的目的、用途和管理规则。缺乏这些条件，基金的设立本身就是不合法的。
管理透明度与监督：基金的管理必须透明，建立有效的监督机制，确保员工能够了解基金的收支情况，防止利益输送等损害员工利益的行为。
四、实际操作中的注意事项
民主程序与公示：企业若有合法有效的规章制度支持扣除工资作为员工基金，该制度需经过民主程序制定并向员工公示。
最低工资标准：扣除后的工资必须仍然高于当地最低工资标准，否则即使有其他约定，也是违法的。
沟通与协商：面对员工的异议或不满，企业应积极沟通协商，寻求双方接受的解决方案。
五、员工权益保护建议
沟通协商：员工应首先与企业进行沟通，尝试解决争议。了解扣钱的具体原因和依据，并表达自己的诉求。
法律途径：若无法达成共识，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。劳动监察部门会对企业的扣钱行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。劳动仲裁机构也会依法进行裁决，保障员工的合法权益。
总结来说，企业扣员工基金是否合法，取决于具体操作方式和相关约定。未经员工同意擅自扣除是违法的；但若存在合法有效的劳动合同约定或规章制度，且扣除行为符合法律法规，则可能合法。不过，无论如何，扣除后的工资都不得低于当地最低工资标准。员工应了解自己的权益，必要时采取合适的措施保护自身利益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。