结论：集团公司副总同时担任分公司法人，是否可以两边发工资，需根据具体情况判断，但通常不建议这样做，因为可能涉及税务、劳动法及公司治理等多方面的问题。以下从不同角度进行分析：
税务角度：
- 根据我国税法规定，个人所得税是按照个人所得来计算的，无论这些所得来自多少个不同的单位或来源。如果副总在集团公司和分公司都领取工资，那么这两部分工资都需要纳入其个人所得税的计税基础，进行合并计税。
- 从税务合规的角度来看，如果副总在两个单位都领取工资，需要确保两个单位都按照税法规定为其代扣代缴个人所得税，避免出现漏税或逃税的情况。
劳动法角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者通常只能与一个用人单位建立全日制劳动关系，并由该单位支付工资。如果副总在集团公司和分公司都建立了劳动关系并领取工资，可能涉及双重劳动关系的问题，这在法律上可能存在一定的争议和风险。
- 即使副总与两个单位都签订了劳动合同，也需要确保这些合同不违反劳动法的强制性规定，如最低工资标准、工作时间、休息休假等。
公司治理角度：
- 从公司治理的角度来看，集团公司副总同时担任分公司法人，本身就存在一定的利益冲突和治理风险。如果副总还在两个单位都领取工资，可能会进一步加剧这种风险，引发公司内部的不满和争议。
- 此外，如果副总在两个单位都领取工资，还可能涉及公司财务的透明度和合规性问题，需要确保相关财务记录清晰、准确，并符合公司法和税法的规定。
建议：
- 避免双重发薪：从税务、劳动法和公司治理的角度来看，建议避免在集团公司和分公司都领取工资。如果确实需要副总在两个单位都提供服务，可以考虑通过其他方式（如奖金、津贴、股权等）进行补偿，而不是直接发放工资。
- 明确劳动关系：如果副总确实需要在两个单位都工作，建议明确其与每个单位的劳动关系，并签订相应的劳动合同或服务协议，明确双方的权利和义务。
- 咨询专业意见：由于这种情况涉及多个法律领域和复杂的公司治理问题，建议咨询专业的税务律师和劳动法律师，以确保合规性和避免潜在的法律风险。
可能后果：
- 如果副总在两个单位都领取工资且未按照税法规定进行合并计税，可能面临税务处罚和补缴税款的风险。
- 如果副总与两个单位都建立了劳动关系但未遵守劳动法的规定，可能面临劳动争议和诉讼的风险。
- 如果副总的行为引发了公司内部的不满和争议，可能影响其职业声誉和未来的职业发展。
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