关于年休假超了如何扣工资的问题，这确实是一个涉及公司规章制度、劳动合同约定以及法律规定的重要事项。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律依据与原则
首先，我们需要明确的是，工资扣除必须遵循国家法律法规的规定，特别是《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付和扣除的相关条款。劳动法规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但这并不排除因合法事由（如超年假、事假、旷工等）导致的工资扣除，前提是这种扣除必须符合公司规章制度或劳动合同的约定，且不违反法律法规的强制性规定。
二、超年假扣工资的具体操作
查看公司规章制度和劳动合同：
- 您应首先查阅公司的员工手册、考勤制度或劳动合同中关于超年假的具体规定。这些文件通常会明确超年假的定义、处理方式以及相应的工资扣除标准。
- 如果劳动合同中有特别约定，如“超出法定年假部分按日薪的XX%扣除”，则应按照合同执行。
确定扣除标准：
- 常见的扣除方式包括按日薪比例扣除、视为旷工处理等。
- 按日薪比例扣除：根据您的月基本工资除以当月应出勤天数（通常为21.75天），得出日薪标准。超年假期间按此日薪全额或部分扣除。例如，若您月薪6000元，超休3天且公司规定全额扣除，则扣款金额为 \(6000 \div 21.75 \times 3 \approx 827.59\) 元。若规定扣50%，则扣款减半。
- 视为旷工处理：若您未获批准擅自超休，公司可能按旷工论处。旷工扣款通常高于普通缺勤，可能扣发当日工资的1-3倍，甚至影响全勤奖或绩效奖金。
执行扣除程序：
- 在您超年假后，公司的人力资源部门应及时核算应扣除的工资数额。
- 扣除前需与您进行沟通确认，确保双方对扣除事宜无异议。
- 按照公司财务流程进行工资扣除操作，并保留相关记录备查。
三、注意事项
最低工资保障：
- 扣款后您的实发工资不得低于当地最低工资标准。例如，若某地最低工资为2000元，您原工资3000元，即使超年假扣款也不得使其收入低于2000元。
程序合法性：
- 公司在扣款前需履行告知义务，确保您知晓超年假的后果。
- 涉及重大处罚（如高额扣款）时，建议通过书面通知确认。
争议解决：
- 若您对扣款有异议，可申请劳动仲裁或提起诉讼。
- 需注意保留考勤记录、沟通证据等材料，以备不时之需。
综上所述，年休假超了如何扣工资，需结合公司规章制度、劳动合同约定及法律规定综合确定。建议您在超年假前仔细阅读公司相关规定，并与人力资源部门进行沟通确认，以避免不必要的纠纷。