在合同纠纷中，若被告否认签名，通常由提出主张的一方（一般是原告）来申请鉴定，以证明签名的真实性。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则与举证责任
在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。这意味着，提出某一事实或主张的一方，需要承担证明该事实或主张成立的举证责任。在合同纠纷中，如果原告主张合同上的签名是被告所签，而被告否认，那么原告就需要承担证明签名真实性的举证责任。申请鉴定是证明签名真实性的一种有效方式。
二、鉴定申请的具体操作
提出申请：原告应在诉讼过程中，向法院提出对签名真实性的鉴定申请。申请时，应明确鉴定的目的、对象和范围，并提供相关证据材料，如合同原件、被告的身份信息等。
法院审查：法院在收到鉴定申请后，会进行审查。如果认为鉴定申请符合法律规定，且有必要进行鉴定，法院会委托具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。
鉴定过程：鉴定机构在接受委托后，会按照法定程序进行鉴定。鉴定过程中，可能会要求原、被告双方提供必要的协助，如提供比对样本等。
鉴定结果：鉴定机构在完成鉴定后，会出具鉴定报告。鉴定报告会明确签名的真实性，并给出相应的鉴定意见。法院会根据鉴定报告的结果，结合其他证据材料，对案件进行审理和判决。
三、特殊情况下的处理
被告申请鉴定：虽然一般情况下由原告申请鉴定，但在某些特殊情况下，如果被告能够提供初步证据证明签名可能不真实，且该证据足以引起法院对签名真实性的合理怀疑，法院也可能要求被告申请鉴定或直接委托鉴定机构进行鉴定。不过，这种情况相对较少见。
鉴定费用的承担：鉴定费用通常由申请鉴定的一方预交。如果鉴定结果支持了申请鉴定一方的主张，那么鉴定费用可能会由对方承担；如果鉴定结果不支持申请鉴定一方的主张，那么鉴定费用则由申请鉴定一方自行承担。当然，具体费用的承担方式还需根据法院的判决和双方当事人的约定来确定。
四、法律建议
及时申请鉴定：如果原告认为合同上的签名是被告所签，且被告否认，那么原告应及时向法院提出鉴定申请，以证明签名的真实性。避免因拖延时间而导致证据灭失或鉴定难度增加。
准备充分证据：在申请鉴定前，原告应准备充分的证据材料，如合同原件、被告的身份信息、与合同相关的其他证据等。这些证据材料将有助于鉴定机构更准确地判断签名的真实性。
关注鉴定过程：在鉴定过程中，原告应关注鉴定机构的鉴定程序和方法是否合法合规。如果发现鉴定机构存在违法行为或鉴定程序存在瑕疵，原告应及时向法院提出异议，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：在处理合同纠纷时，如果涉及签名真实性的鉴定问题，原告可以咨询专业律师的意见。律师将根据案件的具体情况和相关法律法规，为原告提供专业的法律建议和诉讼策略。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。