在合同纠纷中，若被告不承认签字，鉴定费用一般由申请鉴定的一方先行垫付，最终根据鉴定结果和案件具体情况由法院判定由哪方承担。以下是对此问题的详细分析：
鉴定费用的垫付原则：
- 在诉讼过程中，当一方对另一方提供的证据（如合同上的签字）的真实性提出质疑，并申请进行司法鉴定时，通常由申请鉴定的一方先行垫付鉴定费用。这是基于诉讼程序中的一般原则，即“谁主张，谁举证”，以及为了推动诉讼进程而设定的临时费用承担规则。
鉴定费用的最终承担：
- 鉴定费用并非固定由某一方承担，而是根据鉴定结果和案件的具体情况，由法院在判决时确定。如果鉴定结果显示签字是真实的，那么被告（即不承认签字的一方）可能需要承担鉴定费用，因为其质疑被证明是不成立的。
- 反之，如果鉴定结果显示签字是伪造的或存在其他问题，那么鉴定费用可能由提出该证据的一方（即原告）承担，因为其提供的证据被证明是不可靠的。
特殊情况下的费用承担：
- 在某些特殊情况下，如双方对鉴定费用的承担有特别约定，或者法院根据案件的特殊情况认为应由某一方承担全部或部分鉴定费用时，鉴定费用的承担可能会有所不同。
- 另外，如果被告在诉讼过程中明确表示不承认签字，但并未提出合理的反驳理由或证据，且法院认为有必要进行鉴定以查明事实，那么即使最终鉴定结果显示签字是真实的，法院也可能根据案件的具体情况，酌情判定被告承担部分或全部鉴定费用。
实际操作建议：
- 在面临此类情况时，建议当事人首先与对方进行协商，尝试通过和解或调解的方式解决纠纷，以避免不必要的鉴定费用和诉讼成本。
- 如果协商无果，且确实需要进行司法鉴定以查明事实，那么当事人应积极配合法院的工作，按照法院的要求提供相关证据和材料，并按时缴纳鉴定费用。
- 在诉讼过程中，当事人还可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。律师可以根据案件的具体情况，为当事人提供专业的法律意见和诉讼策略。
总结来说，鉴定费用的承担并非固定不变，而是根据鉴定结果和案件的具体情况由法院判定。因此，在面临此类纠纷时，当事人应保持冷静，积极配合法院的工作，并寻求专业律师的帮助以更好地维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。