经济补偿金的计算通常不可以剔除加班费。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿金的计算基础
经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法向劳动者支付的一种经济补偿。其计算基础通常是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这一平均工资的计算，应当包括劳动者正常工作时间的工资，以及加班加点工资等所有货币性收入。
二、加班费是否应计入经济补偿金
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这一工资是应发工资，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，自然也包括加班费。
实践操作：
- 在实际操作中，如果用人单位在计算经济补偿金时剔除了加班费，这可能被视为违法行为。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付完整的经济补偿金，包括加班费部分。
特殊情况：
- 当然，也存在一些特殊情况。例如，如果劳动合同中明确约定了经济补偿金的计算方式，且该方式不包含加班费，同时这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么可能按照约定执行。但这种情况较为少见，且需要严格的合同条款和法律审查。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位在计算经济补偿金时剔除了加班费，劳动者可以向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起仲裁或诉讼，要求用人单位支付完整的经济补偿金。
建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于经济补偿金的计算方式。如果发现合同中有不合理的条款，应及时与用人单位协商修改。
- 在劳动合同解除或终止时，劳动者应保留好相关证据，如工资条、加班记录等，以便在需要时证明自己的权益。
- 如果用人单位拒绝支付完整的经济补偿金，劳动者应及时向劳动争议调解仲裁机构或人民法院寻求帮助。
举例说明：假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为5000元，其中包含加班费1000元。如果用人单位在计算经济补偿金时剔除了加班费，只按照4000元的标准支付，那么这一做法就是违法的。劳动者有权要求用人单位按照5000元的标准支付经济补偿金。
综上所述，经济补偿金的计算通常不可以剔除加班费。如果用人单位在计算时剔除了加班费，劳动者应依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。