在计算经济补偿金时，加班费应当被纳入其中，作为劳动者应得工资的一部分。这一做法符合《劳动合同法》及其实施条例的明确规定，也体现了对劳动者全部劳动的尊重和合理补偿。

详细分析如下：

经济补偿金是劳动合同解除或终止时，用人单位依法应向劳动者支付的补偿。其计算基数是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来确定的。根据《劳动合同法》第四十七条以及《劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，这个“月工资”是按照劳动者应得工资来计算的，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴、补贴和加班加点工资等货币性收入。

从法律条文上看，加班费明确被包含在劳动者应得工资之内。因此，在计算经济补偿金时，不应将加班费剔除。加班费是劳动者提供额外劳动所获得的报酬，属于其应得的工资部分。将加班费纳入经济补偿金的计算基数，既符合法律法规的要求，也体现了对劳动者全部劳动的公平对待和合理补偿。

尽管在实践中，部分地区可能存在不同的司法判例和处理方式，但从全国范围的法律体系来看，《劳动合同法》及其实施条例的规定是具有普遍约束力的。因此，在处理经济补偿金计算问题时，应当以这些法律规定为准绳。

总结与建议：

综上所述，计算经济补偿金时，应将加班费纳入其中。这样做不仅符合法律规定，也更能体现对劳动者权益的保护。如果在实际操作中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供进一步的法律建议，以确保您的权益得到准确维护。