结论：擅自利用屋顶做菜园是否违法，需根据屋顶的产权归属、物业管理规定以及是否影响他人权益等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 屋顶产权归属：

   • 若屋顶属于全体业主共有：根据《民法典》的相关规定，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。因此，若屋顶属于全体业主共有，任何业主未经其他业主同意，擅自利用屋顶做菜园，可能构成对共有部分的侵占，侵犯了其他业主的合法权益，属于违法行为。
   • 若屋顶属于特定业主专有：如果屋顶在购房时已明确约定为特定业主的专有部分，那么该业主有权在屋顶上进行合理使用，包括做菜园。但即便如此，也需确保不影响其他业主的正常生活和房屋结构安全。

2. 物业管理规定：

   • 许多小区的物业管理规定中明确禁止业主在屋顶等公共区域进行私自搭建或种植等行为。这些规定旨在维护小区的整体环境和秩序，确保所有业主的共同利益。因此，即使屋顶属于特定业主专有，若物业管理规定禁止此类行为，业主也需遵守规定，否则可能面临物业的处罚或要求恢复原状。

3. 是否影响他人权益：

   • 擅自利用屋顶做菜园，若导致屋顶漏水、影响房屋结构安全或对其他业主的生活造成干扰（如噪音、异味等），则可能构成对他人权益的侵犯。在此情况下，受影响的业主有权要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。

4. 法律后果：

   • 若擅自利用屋顶做菜园的行为被认定为违法或侵权，行为人可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任（在极端情况下，如因屋顶改造导致严重安全事故）。具体法律后果需根据行为的性质、后果及法律规定综合判断。

建议：

• 在决定利用屋顶做菜园前，务必先确认屋顶的产权归属和物业管理规定。
• 若屋顶属于共有部分或物业管理规定禁止此类行为，建议与其他业主协商或寻求物业的同意，以确保行为的合法性。
• 在进行屋顶改造时，务必确保不影响房屋结构安全和其他业主的正常生活。
• 若遇到法律纠纷或不确定如何操作，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。