在自己家房顶用花盆种菜，一般情况下并不直接构成违法行为，但需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
产权独立房屋：
- 对于个人拥有产权的独立房屋，如农村自建房、独栋别墅等，业主对房顶享有自主使用的权利。在此类情况下，只要种菜行为不损害公共利益和他人合法权益，不违反相关法律法规及小区管理规定，通常是被允许的。这体现了业主对自有空间的合理利用权。
已获全体业主同意：
- 若房屋位于住宅小区内，且屋顶属于全体业主共有部分，但已获得全体业主的明确同意，那么在该屋顶上用花盆种菜也是合法的。不过，这种情况较为少见，因为通常需要复杂的协商和决策过程。
二、可能存在的不合法情况
违反建筑安全规定：
- 建筑物的使用和改造需遵守相关法律法规，确保不影响建筑结构安全。若房顶种菜导致超重，威胁房屋结构安全，将违反《建设工程质量管理条例》等法规中关于不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构的规定。因此，在种植前需评估房顶承载能力，避免安全隐患。
违反小区管理规约：
- 在城市住宅小区中，业主需遵守小区管理规约。若规约明确禁止屋顶种植，则种菜行为将违反规约。虽然规约并非法律，但业主在签署同意后需履行，否则可能面临物业服务企业的处理措施，如要求恢复原状、赔偿损失等。
侵犯他人权益：
- 种菜过程中若导致污水渗漏至楼下邻居家，造成损坏或影响生活，将侵犯邻居的相邻权。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，侵权者需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
违反城市规划等其他规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若屋顶种菜搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
占用紧急疏散通道：
- 楼顶作为公共紧急疏散通道的一部分，种菜活动可能阻碍紧急情况下的安全疏散。根据《消防法》的相关规定，任何单位、个人不得占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口、消防车通道。否则，将面临五千元以上五万元以下的罚款。
三、建议与注意事项
- 了解规定：在决定屋顶种菜前，务必了解当地相关法律法规及小区管理规定，确保行为合法合规。
- 评估风险：咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种菜不会造成超重等安全问题。同时，考虑灌溉、排水等可能带来的风险。
- 沟通协商：与邻居沟通，避免种菜行为对其造成不良影响，维护和谐的邻里关系。若屋顶属于共有部分，还需与全体业主协商并获得同意。
- 申请许可：若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。
总之，在自己家房顶用花盆种菜需谨慎考虑多方面因素，确保行为合法、安全且不影响他人权益。通过提前了解规定、评估风险并与相关部门和邻居沟通，可有效避免潜在的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。