结论：自己家的车库顶子让人种菜是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及车库顶子的产权归属、是否违反物业管理规定以及是否侵犯相邻权等问题。以下从不同角度进行分析：
产权归属角度：
- 如果车库顶子属于您个人所有，且您未明确允许他人使用，那么他人未经您同意在车库顶子上种菜，可能构成对您物权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。因此，您有权要求他人停止侵权行为，并恢复原状。
物业管理规定角度：
- 如果车库顶子属于小区公共部分或您与物业公司有相关约定，那么您需要查看物业管理规定或相关约定，以确定是否允许在车库顶子上种菜。如果物业管理规定或相关约定明确禁止此类行为，那么他人种菜可能违反了规定，您有权向物业公司反映，并要求物业公司采取措施制止。
相邻权角度：
- 即使车库顶子属于您个人所有，但如果种菜行为对相邻业主造成了影响（如遮挡阳光、影响通风、造成安全隐患等），那么可能构成对相邻权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。因此，如果种菜行为确实对相邻业主造成了影响，相邻业主有权要求您或实际种菜人停止侵权行为。
建议：
- 首先，确认车库顶子的产权归属，查看相关产权证书或购房合同等文件。
- 其次，查看物业管理规定或相关约定，了解是否允许在车库顶子上种菜。
- 如果种菜行为确实对您或相邻业主造成了影响，可以尝试与种菜人沟通协商，要求其停止侵权行为。
- 如果沟通协商无果，可以向物业公司反映情况，要求物业公司采取措施制止。
- 如果物业公司未能有效制止，或者种菜行为严重侵犯了您的权益，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼等。
后续行动：
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据（如照片、视频、沟通记录等），以便在需要时提供证明。
- 如果您对法律程序不熟悉或担心处理不当，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。