在市区内房顶上种菜，通常是违法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考虑：

1. 屋顶所有权与共有权：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，而对专有部分以外的共有部分（如屋顶、楼梯间、通道等）享有共有和共同管理的权利。这意味着，屋顶作为建筑物的共有部分，其使用和管理需要全体业主的共同同意，不能由某个或某些业主单独决定。

2. 擅自改变用途的违法性：

   • 物业管理区域内依照规划所建造的公共建筑物以及共享设施，其用途是固定的，不得擅自变更。若业主确实需要改变这些公共建筑或共享设施的使用用途，必须在依法办理完所有相关手续后，向物业管理公司进行通报。在屋顶上种菜，无疑是对屋顶原有规划用途的擅自更改，这是违反规定的。

3. 实际影响与邻里关系：

   • 在屋顶上种菜不仅可能侵犯其他业主的权利（如晒衣、通风等），还可能产生蚊虫、气味等问题，影响居住环境。此外，种菜所用的土壤在下雨后重量会加重，可能对楼栋安全造成影响。这些实际影响往往引发邻里矛盾，不利于和谐社区的构建。

4. 法律后果与应对措施：

   • 对于在屋顶上种菜的行为，物业公司有权进行制止。如果制止无效，业主可以向法院起诉要求停止侵权并恢复原状。此外，根据相关物业管理条例，擅自改变公共建筑和共用设施用途的业主，可能面临法律责任。

建议与措施：

• 如果您有在屋顶上种菜的意愿，建议先与物业公司或业主委员会沟通，了解相关规定和程序，确保自己的行为合法合规。
• 如果您发现其他业主在屋顶上种菜，且该行为侵犯了您的权益或影响了居住环境，您可以向物业公司反映情况，要求其进行制止。如果物业公司不作为，您可以考虑向相关部门投诉或向法院起诉。

总之，在市区内房顶上种菜通常是违法的，因为它侵犯了其他业主的共有权，擅自改变了屋顶的规划用途，并可能对居住环境造成不良影响。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。