关于城市屋顶种菜是否违法的问题，结论前置如下：
- 若屋顶属于个人所有且符合相关规定，种菜一般不违法；
- 若屋顶属于共有部分或未经许可擅自改变用途，种菜则可能违法。
一、屋顶属于个人所有且符合相关规定的情况
对于个人拥有产权的独立房屋（如农村自建房、独栋别墅等），业主对屋顶享有自主使用的权利。在此类情况下，只要种菜行为不损害公共利益和他人合法权益，不违反相关法律法规及小区管理规定，通常是被允许的。这体现了业主对自有空间的合理利用权。但需注意以下几点：
- 建筑安全：种菜前需评估屋顶承载能力，避免因种植过重或不当改造导致房屋结构安全问题。若屋顶种菜导致超重，威胁房屋结构安全，将违反《建设工程质量管理条例》等法规中关于不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构的规定。
- 城市规划：部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若屋顶种菜搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
二、屋顶属于共有部分或未经许可擅自改变用途的情况
违反《物业管理条例》：
- 在城市住宅小区中，屋顶通常属于共有部分，归全体业主共有。根据《物业管理条例》第四十九条和第五十条，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途，业主和物业服务企业不得擅自占用物业管理区域内的场地，损害业主共同利益。因此，若未经全体业主或业主大会同意，擅自在屋顶种菜，将违反这些规定。
违反《中华人民共和国民法典》：
- 《中华人民共和国民法典》第二百七十一条和第二百七十四条规定，业主对建筑物专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利，建筑区划内的其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。因此，擅自在屋顶种菜侵犯了其他业主的共有权和管理权。
侵犯他人权益与安全隐患：
- 种菜过程中若导致污水渗漏至楼下邻居家，造成损坏或影响生活，将侵犯邻居的相邻权。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，侵权者需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
- 种菜过程中的地面改造（如挖土、堆放重物）若操作不当，可能破坏屋顶防水层、承重结构等，对建筑物安全构成威胁。根据相关法律法规，业主应遵守规定使用建筑物，不得危及安全。否则，需承担相应责任。
三、违法行为的后果
- 对于违反规定在屋顶种菜的行为，物业管理公司或业主委员会有权制止并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 若违规业主拒不改正，物业管理公司或业主委员会可向相关部门投诉或提起诉讼以维护全体业主的合法权益。
四、建议与注意事项
- 了解规定：在决定屋顶种菜前，务必了解当地相关法律法规及小区管理规定，确保行为合法合规。
- 评估风险：咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种菜不会造成超重等安全问题。
- 沟通协商：与邻居沟通，避免种菜行为对其造成不良影响，维护和谐的邻里关系。
- 申请许可：若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。
总结：城市屋顶种菜是否违法，需根据屋顶的权属、是否经过许可以及是否符合相关规定来判断。在决定种菜前，建议业主充分了解相关法律法规和小区管理规定，确保行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。