邻居在您家棚顶种菜的行为是否违法，这主要取决于棚顶的权属以及邻居的行为是否侵犯了您的合法权益，具体分析如下：

1. 棚顶权属问题：

   • 如果棚顶属于您房屋的专有部分，即您拥有完全的产权和使用权，那么邻居未经您的允许在棚顶种菜，就构成了对您物权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利，包括所有权、用益物权和担保物权。在这种情况下，您有权要求邻居停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。
   • 如果棚顶属于共有部分，比如是小区公共设施的一部分，那么邻居的行为可能涉及对共有部分的不当使用。这通常需要依据小区的管理规约或者业主大会的决议来判断。如果管理规约或业主大会决议明确禁止在共有部分种菜，那么邻居的行为就是违法的。

2. 邻居行为是否构成侵权：

   • 除了考虑棚顶的权属外，还需要评估邻居的行为是否对您的生活造成了实际影响。比如，种菜是否导致了棚顶漏水、结构损坏，或者产生了异味、蚊虫等影响您居住环境的问题。如果存在这些问题，那么邻居的行为就构成了对您相邻权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。在这种情况下，您同样有权要求邻居停止侵害、排除妨碍。

3. 建议处理方式：

   • 友好协商：首先，我建议您尝试与邻居进行友好协商，说明棚顶的权属情况以及种菜可能带来的问题，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 寻求物业或居委会帮助：如果协商无果，您可以向小区物业或居委会反映情况，请求他们协助调解。
   • 法律途径：如果上述方式均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。比如，向法院提起诉讼，要求邻居停止侵害、恢复原状并赔偿损失。

总结来说，邻居在您家棚顶种菜的行为是否违法，需要综合考虑棚顶的权属以及邻居的行为是否侵犯了您的合法权益。如果确实存在侵权行为，您有权通过协商、调解或法律途径来维护自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。