在自己家楼顶种菜是否违法，主要取决于是否经过了相关业主和物业的同意，以及是否符合相关法律法规和物业管理规定。以下是对此问题的详细分析：
一、不违法的情况
个人拥有产权的独立房屋：
- 对于农村自建房、独栋别墅等个人拥有产权的独立房屋，业主对楼顶享有自主使用的权利。在此类情况下，只要种菜行为不损害公共利益和他人合法权益，不违反相关法律法规及小区管理规定，通常是被允许的。这体现了业主对自有空间的合理利用权。
经过全体业主和物业同意：
- 若您居住在小区内，且种菜行为已经获得了全体相关业主的一致同意，并且也取得了物业管理部门的许可，同时在种植过程中没有对建筑物的安全、小区的公共秩序和环境卫生等造成不良影响，那么这种情况下在楼顶种菜是不违法的。
- 有些小区规划设计时可能已专门划出楼顶区域用于绿化种植，并在业主公约或物业管理规定中明确说明。若您按照这些规定在指定区域内合理种植，同样不违法。
二、可能违法的情况及法律依据
违反《物业管理条例》：
- 根据《物业管理条例》的相关规定，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途。楼顶作为共用设施，擅自用于种植违反了此规定。
- 同时，该条例也指出，业主和物业服务企业不得擅自占用物业管理区域内的场地，损害业主共同利益。楼顶种菜若未获全体业主同意，即构成对共同利益的侵害。
违反《中华人民共和国民法典》：
- 《中华人民共和国民法典》规定，建筑区划内的绿地属于业主共有（除非明示属于个人）。楼顶虽非传统绿地，但作为小区一部分，其使用权归全体业主共有。擅自改变用途种菜，侵犯了其他业主的权利。
- 此外，该法典也明确了业主对建筑物专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。未经全体业主或业主大会许可，擅自改变楼顶用途是违法的。
侵犯其他业主权益与安全隐患：
- 楼顶种菜若影响其他业主正常使用或生活（如异味、蚊虫等问题），则侵犯了他们的合法权益，可能引发相邻权纠纷。
- 种菜过程中的地面改造（如挖土、堆放重物）若操作不当，可能破坏楼顶防水层、承重结构等，对建筑物安全构成威胁。根据相关法律法规，业主应遵守规定使用建筑物，不得危及安全。否则，需承担相应责任。
三、建议与注意事项
- 了解规定：在决定楼顶种菜前，务必了解当地相关法律法规及小区管理规定，确保行为合法合规。
- 评估风险：咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种菜不会造成超重等安全问题。同时，考虑种菜行为可能对其他业主造成的影响，避免引发纠纷。
- 沟通协商：与邻居和物业进行沟通，获得他们的理解和支持。若可能，尽量取得全体业主的同意，并办理相关手续。
- 合规种植：若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。同时，注意保持楼顶整洁卫生，避免对小区环境造成不良影响。
综上所述，在自己家楼顶种菜需谨慎对待。在大多数情况下，未经全体业主或业主大会同意擅自在楼顶种菜是违法的。如果您确实有意在楼顶进行绿化或种植活动，建议先征得全体相关业主的同意并办理相关手续以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。