依法拆除屋顶菜园是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、屋顶菜园的合法性基础
产权归属：
- 若屋顶属于业主共有部分（如公共屋顶），根据《民法典》的相关规定，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。在此情况下，未经全体业主或业主大会同意，私自搭建菜园可能构成对共有部分的侵占，属于违法行为。
- 若屋顶属于业主专有部分（如顶层业主的屋顶），业主在不影响房屋结构安全、不损害其他业主合法权益的前提下，有权合理使用。但即便如此，搭建菜园也可能需要遵守物业管理规定或相关行政法规，如需报批或备案等。
规划与建设：
- 屋顶菜园的建设可能涉及改变房屋原有结构或用途，这通常需要符合城市规划、建设等相关法律法规的要求。未经规划部门批准，擅自改变房屋结构或用途，可能构成违法建设，面临被拆除的风险。
二、依法拆除的合法性分析
行政机关的拆除行为：
- 若屋顶菜园确实存在违法情形（如侵占共有部分、违法建设等），且相关行政机关已依法作出拆除决定，并履行了法定程序（如通知、催告、听取陈述申辩等），则拆除行为通常是合法的。
- 在此情况下，业主应配合行政机关的拆除工作，否则可能面临更严重的法律后果，如强制执行、罚款等。
业主或物业的自行拆除：
- 若屋顶菜园存在违法情形，但行政机关尚未介入，业主或物业在未经法定程序的情况下自行拆除，可能引发纠纷。例如，若拆除过程中造成其他业主财产损失，可能需承担赔偿责任。
- 因此，在自行拆除前，建议业主或物业先咨询相关行政机关或法律专业人士，确保拆除行为的合法性。
三、法律建议
对于屋顶菜园的搭建者：
- 在搭建前，应先了解屋顶的产权归属、规划用途等相关信息，确保搭建行为合法合规。
- 若需改变房屋结构或用途，应提前向规划部门申请批准，并遵守物业管理规定。
- 若面临拆除通知，应及时与行政机关沟通，了解拆除原因及法律依据，必要时可寻求法律援助。
对于其他业主或物业：
- 若发现屋顶菜园存在违法情形，可先与搭建者沟通协商，要求其整改或拆除。
- 若协商无果，可向相关行政机关投诉举报，由行政机关依法处理。
- 在处理过程中，应保持理性克制，避免采取过激行为引发纠纷。
总结来说，依法拆除屋顶菜园是否违法取决于屋顶菜园的合法性基础以及拆除行为的合法性。若屋顶菜园存在违法情形且拆除行为依法进行，则拆除行为合法；反之则可能构成违法。因此，在处理此类问题时，建议各方保持理性克制，依法依规行事。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。