遇到客人打包回去后声称食物中有苍蝇并讹诈1000元的情况，您可以按照以下步骤来应对：

1. 保持冷静，核实情况：

   • 首先，不要急于承认责任或支付赔偿，而是应当冷静地询问客人具体情况，包括发现苍蝇的时间、地点以及食物的状态等。
   • 同时，检查店内监控录像（如果有的话），以确认客人打包食物时的实际情况，以及食物在店内是否有可能被污染。

2. 评估证据与责任：

   • 如果监控录像显示食物在店内时并未发现苍蝇，或者客人无法提供确凿的证据证明苍蝇是在店内食物中发现的，那么您有权对客人的讹诈行为提出质疑。
   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，如果客人无法证明其损害是由您的行为造成的，那么您无需承担赔偿责任。

3. 与客人协商：

   • 在核实情况并评估证据后，您可以与客人进行协商，解释您的立场和证据，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
   • 如果客人坚持要求赔偿，但您认为其要求不合理，可以明确拒绝，并告知客人如果继续纠缠，您将考虑采取法律手段维护自己的权益。

4. 考虑法律途径：

   • 如果客人持续讹诈，甚至采取威胁、骚扰等不当行为，您可以考虑向公安机关报案，或者通过法律途径（如起诉）来维护自己的合法权益。
   • 在此过程中，保留好所有相关证据，包括监控录像、与客人的沟通记录等，以备不时之需。

5. 预防措施：

   • 为了避免类似情况再次发生，您可以加强店内的卫生管理，确保食物在制作和打包过程中不受污染。
   • 同时，考虑在店内安装更多的监控摄像头，以便在发生纠纷时能够提供更全面的证据。

关于赔偿金额的合理性：

• 如果客人确实能够证明其损害是由您的行为造成的，并且要求赔偿的金额合理（如医疗费用、误工费等实际损失），那么您应当根据法律规定进行赔偿。
• 然而，在本案例中，客人要求赔偿1000元，但并未提供确凿的证据证明其损害是由您的行为造成的，且该金额可能远超其实际损失（如果有的话）。因此，您有权对这一要求提出质疑，并拒绝支付不合理的赔偿。

总结与建议：

• 在面对客人讹诈时，保持冷静、核实情况、评估证据是关键。
• 通过与客人协商、考虑法律途径等方式来维护自己的合法权益。
• 同时，加强店内的卫生管理和监控措施，以预防类似情况再次发生。

如果您在处理此类纠纷时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。