结论：顾客以餐饮堂食打包带走的食物未加盖、在外面发现有苍蝇为由要求赔偿1000元，这一要求是否合理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从食品安全法规角度
根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者应当保证其生产经营的食品符合食品安全标准，包括食品的卫生、无毒、无害等要求。如果顾客能够证明食物中确实存在苍蝇，且该苍蝇是在餐饮店打包过程中或打包后因餐饮店的原因（如未加盖导致苍蝇进入）而进入食物的，那么餐饮店可能构成违约或侵权，需要承担相应的法律责任。
然而，赔偿金额的合理性需根据实际损失来确定。如果顾客没有因食用该食物而遭受实际的身体损害或经济损失（如医疗费用、误工费等），那么要求赔偿1000元可能缺乏合理的依据。在这种情况下，餐饮店可以与顾客协商，根据实际情况给予适当的补偿，如免单、赠送优惠券等，但无需承担过高的赔偿责任。
二、从证据角度
顾客要求赔偿，需要提供充分的证据来证明其主张。这包括但不限于：
如果顾客无法提供充分的证据来支持其主张，那么其要求赔偿的合理性将受到质疑。
三、从协商与调解角度
在发生此类纠纷时，双方可以首先尝试通过协商和调解来解决。餐饮店可以主动与顾客沟通，了解顾客的诉求和理由，并根据实际情况提出合理的解决方案。如果双方能够达成一致意见，那么可以签订书面协议，明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷的发生。
四、从法律诉讼角度
如果协商和调解无法解决问题，顾客可以选择通过法律途径来维护自己的权益。然而，在提起诉讼前，顾客需要仔细考虑诉讼的成本和风险。诉讼过程可能耗时较长，且需要承担一定的诉讼费用和律师费用。此外，如果顾客无法提供充分的证据来支持其主张，那么其诉讼请求可能无法得到法院的支持。
建议：对于餐饮店而言，为了避免类似纠纷的发生，可以加强食品安全管理，确保食物在打包过程中符合卫生标准，如加盖、使用干净的打包盒等。同时，在发生纠纷时，应积极与顾客沟通协商，寻求合理的解决方案。对于顾客而言，如果确实遇到了食品安全问题，应保留好相关证据，并通过合法途径来维护自己的权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。