若面包吃出苍蝇且1000元赔偿协商不成，您可以通过以下途径解决，我会结合法律程序和实务操作分情况说明：

1. 向市场监管部门投诉（优先推荐）
   根据《食品安全法》第148条，消费者因不符合食品安全标准的食品受到损害的，可向经营者或生产者要求赔偿损失，并主张支付价款10倍或损失3倍的赔偿金（不足1000元按1000元计算）。您可携带面包、购买凭证、苍蝇证据（如照片、视频）到当地市场监督管理局投诉，要求立案调查并协调赔偿。实务中，监管部门介入后，商家为避免行政处罚（如罚款、停业整顿），通常会积极协商赔偿。

2. 通过12315平台或消费者协会调解
   若您希望快速解决，可拨打12315热线或通过全国12315平台在线投诉，说明商家名称、地址、问题详情及诉求。消协会组织双方调解，调解协议具有民事合同效力，商家拒不履行可申请法院强制执行。此方式成本低、效率高，适合争议金额不大、证据充分的情况。

3. 向法院提起民事诉讼（终极手段）
   若前两种方式未达成赔偿，您可向法院起诉，主张：

   • 赔偿项目：包括面包价款、医疗费（若因食用导致身体不适）、1000元惩罚性赔偿（若面包确实不符合安全标准）；
     
   • 关键证据：购买凭证（小票、支付记录）、面包实物（保留原包装）、苍蝇证据（需证明与面包同时存在，如封装后未拆封的照片）、就医记录（如有）；
     
   • 诉讼流程：向商家所在地法院提交起诉状及证据，法院会先组织调解，调解不成则开庭审理。实务中，此类案件标的额小、事实清晰，法院通常会支持消费者诉求，判决商家赔偿。
     

实务建议：

• 协商时明确告知商家法律依据（如《食品安全法》第148条），增加谈判筹码；
  
• 投诉或起诉前，将面包妥善保存（可冷冻防止变质），避免证据灭失；
  
• 若商家否认苍蝇来自面包，可申请司法鉴定（如检测面包成分与苍蝇的关联性），但需承担鉴定费用（胜诉后可要求商家承担）。
  

您可根据自身情况选择合适方式，若需进一步指导证据收集或诉讼材料准备，可直接向我咨询。