农民工讨薪起诉时，是分别立案还是立一个案，需根据具体情况判断，具体如下：

1. 若农民工之间存在明确的共同债权债务关系，且讨薪诉求一致，可立一个案

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第五十二条：“当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。”在农民工讨薪案件中，若多个农民工均与同一用人单位存在劳动关系，且用人单位均未支付劳动报酬，即诉讼标的是共同的，那么这些农民工可以作为共同原告，向法院提起一个共同诉讼。
   • 实际操作：在实际操作中，农民工可以推选代表人进行诉讼，代表人的诉讼行为对其所代表的农民工发生效力。这样不仅可以提高诉讼效率，减少诉讼成本，还能确保判决结果的一致性和公正性。

2. 若农民工之间讨薪诉求存在差异，或涉及多个用人单位，应分别立案

   • 诉求差异：如果农民工之间的讨薪诉求存在差异，例如工资数额、支付时间等，那么他们就不能作为一个共同诉讼来处理，而需要分别立案，分别审理。
   • 多个用人单位：如果农民工分别与不同的用人单位存在劳动关系，且均因用人单位未支付劳动报酬而提起诉讼，那么由于诉讼标的不同，也需要分别立案，分别审理。

建议：

• 收集证据：无论选择分别立案还是立一个案，农民工都需要收集充分的证据来证明自己的诉求，如劳动合同、工资条、工作记录等。
• 咨询专业意见：在提起诉讼前，农民工可以咨询专业律师或法律援助机构的意见，了解自己的权益和诉讼风险，以便做出更明智的决策。
• 关注诉讼时效：农民工需要注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。