核心结论：上一休一工作制下请假扣工资的计算方式需根据劳动合同约定、公司规章制度及法律规定综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定
   若劳动合同或公司规章制度中明确规定了“上一休一”制下请假工资的扣除标准（如按日薪的固定比例扣除、按实际缺勤工时折算等），且该约定不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），则应优先适用约定。
   法律依据：根据《劳动合同法》第3条，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应履行约定。

2. 无明确约定但符合法定工时制度
   若“上一休一”制符合综合计算工时制或不定时工时制（需经劳动行政部门审批），则请假工资扣除需以劳动者在综合周期内的平均工作时间为基准：

   • 综合计算工时制：请假期间若未超出综合周期内的法定工作时间（如月平均174小时），用人单位应支付正常工资；超出部分按加班工资计算。
     
   • 不定时工时制：劳动者在保障健康的前提下自主安排工作，请假期间一般不扣工资，但需确保实际工作时间符合法定标准。
     法律依据：根据《工资支付暂行规定》第13条，综合计算工时制下，休息日加班需支付150%工资；不定时工时制下，法定节假日加班需支付300%工资。

3. 无约定且不符合特殊工时制
   若“上一休一”制未经审批且无明确约定，则默认适用标准工时制（每日8小时、每周40小时）。请假工资扣除需按实际缺勤时间折算：

   • 日薪计算：日工资=月工资÷21.75天（月计薪天数），请假1天扣除1日工资。
     
   • 小时薪计算：小时工资=月工资÷（21.75天×8小时），请假按实际小时数扣除。
     注意：若劳动者在请假期间仍提供了部分劳动（如远程处理紧急事务），用人单位需按实际工作时间支付工资。

4. 特殊情形：病假或法定休假

   • 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者在医疗期内享有病假工资，不得低于当地最低工资标准的80%。
     
   • 法定休假：如年休假、婚假、产假等，用人单位需支付正常工资，不得扣除。
     法律依据：根据《劳动法》第51条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间，用人单位应依法支付工资。

建议：

• 劳动者应保留劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在纠纷中主张权利。
  
• 用人单位需确保规章制度合法合规，并履行民主程序（如职工代表大会讨论、公示等），避免因程序瑕疵导致约定无效。
  
• 若双方对扣款标准存在争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体计算方式或纠纷处理流程。