结论：车库没有房本签订的协议是否生效，需根据具体情况判断，若协议内容合法且双方意思表示真实，一般可认定有效，但可能面临无法办理产权变更登记等风险。以下从不同角度详细分析：
一、协议生效的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括：
- 行为人具有相应的民事行为能力：签订车库买卖协议的双方需具备完全民事行为能力，能够独立进行民事活动。
- 意思表示真实：协议内容需是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容需合法合规，不得损害国家、集体或第三人的利益。
若车库买卖协议满足上述要件，即使没有房本，协议本身在法律上也是有效的。这意味着，一旦协议签订，双方需按照协议约定履行各自的义务，如支付价款、交付车库等。
二、无房本可能带来的风险
尽管协议可能有效，但车库没有房本可能带来以下风险：
- 无法办理产权变更登记：房本是产权的证明文件，没有房本可能无法办理产权变更登记手续，导致买方无法取得车库的合法产权。
- 存在产权纠纷风险：若车库存在产权纠纷，如共有权人不同意出售、车库被抵押或查封等，买方可能面临无法取得车库或财产损失的风险。
- 影响协议履行和纠纷解决：在协议履行过程中，若因无房本导致无法办理相关手续或产生纠纷，可能增加解决纠纷的难度和成本。
三、法律建议
针对车库没有房本签订协议的情况，提出以下法律建议：
- 核实车库产权情况：在签订协议前，务必核实车库的产权情况，包括是否存在共有权人、是否被抵押或查封等。可以通过查询不动产登记信息、咨询相关部门或律师等方式进行核实。
- 明确协议条款：在协议中明确约定双方的权利义务、违约责任、争议解决方式等条款，特别是要约定因无房本导致无法办理产权变更登记时的处理方式。
- 考虑风险承担：买方应充分了解无房本可能带来的风险，并在协议中约定风险承担方式。例如，可以约定在无法办理产权变更登记时，卖方需承担违约责任或赔偿买方损失等。
- 咨询专业律师：在签订协议前，建议咨询专业律师的意见，以确保协议内容合法合规且能够有效保护自己的权益。
四、特殊情况说明
若车库属于小产权房或违法建筑等特殊情况，则可能因违反法律、行政法规的强制性规定而导致协议无效。因此，在签订协议前，务必了解车库的性质和合法性情况。
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