三定方案（即职能配置、内设机构和人员编制规定）的合法性审查，通常由编制管理部门或相关政府法制机构负责，具体取决于方案制定和实施的层级与性质。以下从不同角度进行详细分析：

1. 编制管理部门的角色：

   • 在大多数情况下，三定方案是由编制管理部门（如机构编制委员会办公室）负责制定或审核的。这些部门在制定或审核过程中，会确保方案符合法律法规、政策规定以及机构编制管理的相关要求，这本身就包含了对合法性的审查。
   • 编制管理部门在审核三定方案时，会重点关注方案的职能配置是否合理、内设机构是否精简高效、人员编制是否符合实际需求且不超编等，这些审核内容都间接涉及到了合法性的考量。

2. 政府法制机构的审查：

   • 在某些情况下，特别是当三定方案涉及重大政策调整或法律问题时，政府法制机构（如政府法制办公室或司法局）可能会介入进行合法性审查。
   • 政府法制机构会依据相关法律法规和政策规定，对三定方案的内容进行逐条审查，确保其不违反上位法、不超越法定权限、不违背法定程序等。

3. 特定情况下的审查主体：

   • 如果三定方案是由特定部门或单位制定的，且该方案仅涉及该部门或单位的内部事务，那么合法性审查可能由该部门或单位的法制机构或法律顾问负责。
   • 在某些特殊情况下，如三定方案涉及地方性法规或规章的制定或修改，那么合法性审查还可能涉及地方人大或其常委会的相关机构。

4. 审查的法律依据与程序：

   • 合法性审查的依据主要包括相关法律法规、政策规定以及机构编制管理的相关要求。
   • 审查程序通常包括提交审查材料、进行初步审查、组织专家论证或听证（如需）、形成审查意见等步骤。

建议：

• 如果您是三定方案的制定者或相关责任人，建议在制定过程中主动咨询编制管理部门或政府法制机构，确保方案的合法性。
• 如果您对三定方案的合法性有疑问或需要进一步的法律意见，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律分析和建议。

总结：三定方案的合法性审查是一个涉及多个部门和环节的过程，具体由哪个部门负责取决于方案的制定和实施层级与性质。在制定和实施过程中，应确保遵循相关法律法规和政策规定，必要时可寻求专业法律意见以确保方案的合法性。