医院的三定方案，即职能配置、内设机构和人员编制规定，通常是由医院的上级主管部门来制定的。对于大多数公立医院而言，这个上级主管部门往往是国家卫生健康委员会（简称“国家卫健委”）或其地方分支机构。

具体来说，国家卫健委或其地方分支机构会根据医院的规模、性质、任务以及医疗卫生服务的需求等因素，来制定医院的三定方案。这个过程通常涉及到医院的科室设置、人员配备、职责划分、管理架构等多个方面，旨在确保医院能够高效、有序地提供医疗卫生服务。

在制定三定方案时，上级主管部门会充分考虑医院的实际情况和发展需求，与医院管理层进行沟通和协商，以确保方案的合理性和可行性。同时，方案制定后还需要经过一系列的审批和备案程序，确保其符合相关法律法规和政策要求。

因此，如果您想了解具体医院的三定方案是由谁制定的，可以直接咨询该医院的上级主管部门或相关管理部门，他们会给您提供详细的解答。