结论：公司加班3.5小时结算时多给半小时后结算总4小时，一般不算扣发加班工资，但具体还需结合加班工资的计算基数和方式来判断。

分析说明：

1. 加班时间的认定：

   • 从描述来看，公司实际加班时间为3.5小时，但在结算时多给了半小时，最终按照4小时来计算加班工资。这种做法在表面上看起来是“多给”了时间，但关键在于这多给的半小时是否真正反映在了加班工资的支付上。

2. 加班工资的计算：

   • 加班工资的计算通常基于加班时间和加班工资的计算基数（如基本工资、小时工资等）。如果公司按照4小时支付了加班工资，且这个支付金额与按照实际加班时间3.5小时和相应的加班工资计算基数计算出的金额相等或更高，那么可以认为公司没有扣发加班工资。
   • 计算公式示例：假设小时工资为W元，实际加班时间为3.5小时，但公司按4小时支付加班工资，则加班工资应为\(4 \times W\)元。如果公司实际支付的加班工资等于或大于这个数额，则不算扣发。

3. 可能的法律后果：

   • 如果公司虽然按4小时计算了加班时间，但实际支付的加班工资低于按照实际加班时间和加班工资计算基数应支付的金额，那么公司可能构成扣发加班工资的行为。
   • 根据《劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。如果公司未依法支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

建议与行动：

• 核实加班工资计算：建议你核实一下公司实际支付的加班工资是否与按照实际加班时间和加班工资计算基数计算出的金额相符。
• 与公司沟通：如果发现公司存在扣发加班工资的情况，可以先与公司进行沟通，要求公司按照法律规定支付加班费。
• 寻求法律帮助：如果与公司沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 在处理此类问题时，保留好相关的加班记录、工资条等证据是非常重要的，这些证据将有助于你证明自己的加班时间和应得的加班工资。
• 如果你对加班工资的计算或相关法律规定有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解释和建议。