中药材加工厂与饮食店建在一起是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 从规划与建设许可的角度：

   • 如果中药材加工厂和饮食店的建设都符合当地的城乡规划、土地利用规划，并且都依法取得了相应的建设许可（如建设工程规划许可证、施工许可证等），那么它们建在一起并不违法。但需要注意的是，即使两者都合法建设，如果后续的使用过程中违反了规划条件或相关法律法规，也可能面临法律责任。

2. 从环境保护与卫生的角度：

   • 中药材加工过程中可能会产生粉尘、异味等污染物，如果加工厂没有采取有效的污染防治措施，可能会对周边环境，特别是相邻的饮食店造成影响，违反环境保护相关法律法规。
   • 饮食店对卫生条件有较高要求，如果中药材加工厂的卫生状况不佳，可能对饮食店的食品安全构成威胁。根据《食品安全法》等相关法律法规，食品生产经营者应当保证生产经营场所的卫生条件符合要求，防止食品污染。因此，如果中药材加工厂的卫生状况影响到饮食店的食品安全，那么这种建设布局可能存在问题。

3. 从相邻关系的角度：

   • 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果中药材加工厂与饮食店建在一起，但加工厂的生产活动对饮食店的正常经营造成了不合理的影响（如噪音、污染等），那么饮食店有权要求加工厂停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。

建议：

• 在建设或租赁场地前，应详细了解当地的规划、环保、卫生等要求，确保建设活动符合法律法规的规定。
• 如果已经存在中药材加工厂与饮食店建在一起的情况，且担心可能存在法律问题，建议对加工厂的污染防治措施、卫生状况等进行评估，并咨询当地环保、卫生等部门或专业律师的意见。
• 如果发现加工厂的生产活动对饮食店造成了不合理的影响，应及时与加工厂沟通协商，寻求解决方案；协商不成的，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：中药材加工厂与饮食店建在一起是否违法，取决于多种因素，包括规划与建设许可、环境保护与卫生条件、相邻关系等。因此，在做出决策前，应充分了解相关法律法规和当地政策，确保建设活动的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。